Paket: samtools (1.19.2-1 och andra)

Länkar för samtools

Debianresurser:

Hämta källkodspaketet samtools:

Ansvariga:

Debian Med Packaging Team (QA-sida, E-postarkiv)
Charles Plessy (QA-sida)
Andreas Tille (QA-sida)
Étienne Mollier (QA-sida)

Externa resurser:

Hemsida [www.htslib.org]

Liknande paket:

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Märken: Field: Biologi, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Andra paket besläktade med samtools

beror

rekommenderar

föreslår

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, ia64, sh4]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libncurses6 (>= 6)

shared libraries for terminal handling
dep: libtinfo6 (>= 6)

shared low-level terminfo library for terminal handling
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ej armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

Kompressionsbibliotek - körtidspaket

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

sug: cwltool

Common Workflow Language reference implementation

Hämta samtools

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	1.19.2-1+b1	626,8 kbyte	1.800,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	1.19.2-1+b1	630,1 kbyte	1.393,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	1.19.2-1+b1	602,6 kbyte	1.669,0 kbyte	[filförteckning]
armel	1.19.2-1+b1	596,5 kbyte	1.318,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	1.19.2-1+b1	599,6 kbyte	1.134,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	1.19.2-1+b1	627,8 kbyte	1.355,0 kbyte	[filförteckning]
i386	1.19.2-1+b1	665,6 kbyte	1.518,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	1.19.2-1+b1	716,1 kbyte	2.112,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	1.19.2-1+b1	607,6 kbyte	1.342,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	1.19.2-1+b1	609,1 kbyte	1.819,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	1.19.2-1+b1	647,0 kbyte	1.925,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	1.19.2-1+b1	656,9 kbyte	1.925,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	1.19.2-1+b1	640,5 kbyte	1.265,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	1.19.2-1+b1	637,7 kbyte	1.469,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	1.19.2-1+b1	687,0 kbyte	1.600,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	1.19.2-1+b1	596,4 kbyte	7.761,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	1.19.2-1+b1	635,4 kbyte	1.358,0 kbyte	[filförteckning]