Paket: samtools (1.22.1-1 och andra)

Länkar för samtools

Debianresurser:

Hämta källkodspaketet samtools:

Ansvariga:

Debian Med Packaging Team (QA-sida, E-postarkiv)
Charles Plessy (QA-sida)
Andreas Tille (QA-sida)
Étienne Mollier (QA-sida)

Externa resurser:

Hemsida [www.htslib.org]

Liknande paket:

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Märken: Field: Biologi, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Andra paket besläktade med samtools

beror

rekommenderar

föreslår

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, ia64, loong64, sh4]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

C library for high-throughput sequencing data formats

dep: libhts3t64 (>= 1.22.1+ds-1) [ej ia64]
dep: libncurses6 (>= 6)

shared libraries for terminal handling
dep: libtinfo6 (>= 6)

shared low-level terminfo library for terminal handling
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ej alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

Kompressionsbibliotek - körtidspaket

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

sug: cwltool

Common Workflow Language reference implementation

Hämta samtools

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	1.22.1-1	673,3 kbyte	1.886,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	1.22.1-1	680,3 kbyte	1.495,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	1.22.1-1	650,1 kbyte	1.755,0 kbyte	[filförteckning]
armel	1.22.1-1	640,8 kbyte	1.748,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	1.22.1-1	645,0 kbyte	1.556,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	1.22.1-1	677,6 kbyte	1.439,0 kbyte	[filförteckning]
i386	1.22.1-1	713,4 kbyte	1.632,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	1.19.2-1+b1	716,1 kbyte	2.112,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	1.22.1-1	666,7 kbyte	1.814,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	1.22.1-1	648,3 kbyte	1.420,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	1.22.1-1	657,9 kbyte	1.907,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	1.22.1-1	693,8 kbyte	2.011,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	1.22.1-1	706,9 kbyte	2.011,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	1.22.1-1	685,7 kbyte	1.339,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	1.22.1-1	683,6 kbyte	1.555,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	1.22.1-1	742,2 kbyte	1.686,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	1.22.1-1	641,8 kbyte	7.784,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	1.22.1-1	683,9 kbyte	1.460,0 kbyte	[filförteckning]