Pakiet: samtools (1.22.1-1 i inne)

Odnośniki dla samtools

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego samtools:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [www.htslib.org]

Podobne pakiety:

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

Samtools to zestaw narzędzi zarządzających dopasowaniami sekwencji nukleotydów w binarnym formacie BAM. Importuje i eksportuje do formatów ascii SAM (Sequence Alignment/Map) i CRAM, sortuje, łączy i indeksuje, a także umożliwia szybkie pobieranie odczytów z dowolnych regionów. Został zaprojektowany do pracy na strumieniu i może otwierać plik BAM lub CRAM (ale nie w formacie SAM) na zdalnym serwerze FTP lub HTTP.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Sieć: Klient, Protokół sieciowy: FTP, protocol::http, role::program, Zakres: Narzędzie, Pakiet narzędziowy interfejsu: Ncurses (terminalowy), Przeznaczenie: use::analysing, use::calculating, Filtrowanie, Działa z: Sekwencje biologiczne

Inne pakiety związane z samtools

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, loong64, sh4]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

C library for high-throughput sequencing data formats

dep: libhts3t64 (>= 1.22.1+ds-1) [nie ia64]
dep: libncurses6 (>= 6)

Biblioteki współdzielone przeznaczone do obsługi terminala
dep: libtinfo6 (>= 6)

Współdzielona, niskopoziomowa biblioteka terminfo do obsługi terminala
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

sug: cwltool

Common Workflow Language reference implementation

Pobieranie samtools

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.22.1-1	673,3 KiB	1 886,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.22.1-1	680,3 KiB	1 495,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.22.1-1	650,1 KiB	1 755,0 KiB	[lista plików]
armel	1.22.1-1	640,8 KiB	1 748,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.22.1-1	645,0 KiB	1 556,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.22.1-1	677,6 KiB	1 439,0 KiB	[lista plików]
i386	1.22.1-1	713,4 KiB	1 632,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.19.2-1+b1	716,1 KiB	2 112,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	1.22.1-1	666,7 KiB	1 814,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.22.1-1	648,3 KiB	1 420,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.22.1-1	657,9 KiB	1 907,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.22.1-1	693,8 KiB	2 011,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.22.1-1	706,9 KiB	2 011,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.22.1-1	685,7 KiB	1 339,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.22.1-1	683,6 KiB	1 555,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.22.1-1	742,2 KiB	1 686,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.22.1-1	641,8 KiB	7 784,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.22.1-1	683,9 KiB	1 460,0 KiB	[lista plików]