Пакет: samtools (1.22.1-1 и другие)

Ссылки для samtools

Ресурсы Debian:

Исходный код samtools:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [www.htslib.org]

Подобные пакеты:

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c, interface::commandline, Сеть: Клиент, Сетевой протокол: FTP, protocol::http, role::program, Область: Утилита, Инструментарий интерфейса: Ncurses TUI, Цель: use::analysing, use::calculating, Фильтрация, Работает с: Биологические последовательности

Другие пакеты, относящиеся к samtools

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, loong64, sh4]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

C library for high-throughput sequencing data formats

dep: libhts3t64 (>= 1.22.1+ds-1) [не ia64]
dep: libncurses6 (>= 6)

разделяемые библиотеки для управления терминалом
dep: libtinfo6 (>= 6)

низкоуровневая библиотека для работы с терминалом
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

библиотека сжатия

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

sug: cwltool

Common Workflow Language reference implementation

Загрузка samtools

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.22.1-1	673,3 Кб	1 886,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.22.1-1	680,3 Кб	1 495,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.22.1-1	650,1 Кб	1 755,0 Кб	[список файлов]
armel	1.22.1-1	640,8 Кб	1 748,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.22.1-1	645,0 Кб	1 556,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.22.1-1	677,6 Кб	1 439,0 Кб	[список файлов]
i386	1.22.1-1	713,4 Кб	1 632,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.19.2-1+b1	716,1 Кб	2 112,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	1.22.1-1	666,7 Кб	1 814,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.22.1-1	648,3 Кб	1 420,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.22.1-1	657,9 Кб	1 907,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.22.1-1	693,8 Кб	2 011,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.22.1-1	706,9 Кб	2 011,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.22.1-1	685,7 Кб	1 339,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.22.1-1	683,6 Кб	1 555,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.22.1-1	742,2 Кб	1 686,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.22.1-1	641,8 Кб	7 784,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.22.1-1	683,9 Кб	1 460,0 Кб	[список файлов]