Paket: samtools (1.22.1-1 und andere)

Links für samtools

Debian-Ressourcen:

Quellcode-Paket samtools herunterladen:

Betreuer:

Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
Charles Plessy (QS-Seite)
Andreas Tille (QS-Seite)
Étienne Mollier (QS-Seite)

Externe Ressourcen:

Homepage [www.htslib.org]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Vernetzung: Client, Netzwerk-Protokoll: FTP, protocol::http, role::program, Zweck: Hilfswerkzeug, GUI-Baukasten: Ncurses TUI, Zweck: use::analysing, use::calculating, Filtern, Arbeitet mit: Biologische Sequenz

Andere Pakete mit Bezug zu samtools

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, loong64, sh4]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

dep: libhts3t64 (>= 1.22.1+ds-1) [nicht ia64]
dep: libncurses6 (>= 6)

Laufzeitbibliotheken zur Terminalsteuerung
dep: libtinfo6 (>= 6)

Systemnahe terminfo-Laufzeitbibliothek für die Terminalsteuerung
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nicht alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

sug: cwltool

Referenzimplemantation der Common Workflow Language

samtools herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.22.1-1	673,3 kB	1.886,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.22.1-1	680,3 kB	1.495,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.22.1-1	650,1 kB	1.755,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.22.1-1	640,8 kB	1.748,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.22.1-1	645,0 kB	1.556,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.22.1-1	677,6 kB	1.439,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.22.1-1	713,4 kB	1.632,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.19.2-1+b1	716,1 kB	2.112,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	1.22.1-1	666,7 kB	1.814,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.22.1-1	648,3 kB	1.420,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.22.1-1	657,9 kB	1.907,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.22.1-1	693,8 kB	2.011,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.22.1-1	706,9 kB	2.011,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.22.1-1	685,7 kB	1.339,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.22.1-1	683,6 kB	1.555,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.22.1-1	742,2 kB	1.686,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.22.1-1	641,8 kB	7.784,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.22.1-1	683,9 kB	1.460,0 kB	[Liste der Dateien]