Paketti: samtools (1.19.2-1 ja muut)

Links for samtools

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti samtools:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Kotisivu [www.htslib.org]

Samankaltaisia paketteja:

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Tagit: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Muut pakettiin samtools liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libncurses6 (>= 6)

jaetut kirjastot päätteen hallintaan
dep: libtinfo6 (>= 6)

Jaettu matalan abstraktiotason terminfo-kirjasto päätteen käsittelyyn
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ei armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

sug: cwltool

Common Workflow Language reference implementation

Imuroi samtools

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.19.2-1+b1	626.8 kt	1,800.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.19.2-1+b1	630.1 kt	1,393.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.19.2-1+b1	602.6 kt	1,669.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1.19.2-1+b1	596.5 kt	1,318.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1.19.2-1+b1	599.6 kt	1,134.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	1.19.2-1+b1	627.8 kt	1,355.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1.19.2-1+b1	665.6 kt	1,518.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.19.2-1+b1	716.1 kt	2,112.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.19.2-1+b1	607.6 kt	1,342.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.19.2-1+b1	609.1 kt	1,819.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	1.19.2-1+b1	647.0 kt	1,925.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.19.2-1+b1	656.9 kt	1,925.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.19.2-1+b1	640.5 kt	1,265.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.19.2-1+b1	637.7 kt	1,469.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.19.2-1+b1	687.0 kt	1,600.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.19.2-1+b1	596.4 kt	7,761.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	1.19.2-1+b1	635.4 kt	1,358.0 kt	[tiedostoluettelo]