Paketti: samtools (1.22.1-1 ja muut)

Links for samtools

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti samtools:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Kotisivu [www.htslib.org]

Samankaltaisia paketteja:

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Tagit: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Muut pakettiin samtools liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, loong64, sh4]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

C library for high-throughput sequencing data formats

dep: libhts3t64 (>= 1.22.1+ds-1) [ei ia64]
dep: libncurses6 (>= 6)

jaetut kirjastot päätteen hallintaan
dep: libtinfo6 (>= 6)

Jaettu matalan abstraktiotason terminfo-kirjasto päätteen käsittelyyn
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ei alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

sug: cwltool

Common Workflow Language reference implementation

Imuroi samtools

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.22.1-1	673.3 kt	1,886.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.22.1-1	680.3 kt	1,495.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.22.1-1	650.1 kt	1,755.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1.22.1-1	640.8 kt	1,748.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1.22.1-1	645.0 kt	1,556.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	1.22.1-1	677.6 kt	1,439.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1.22.1-1	713.4 kt	1,632.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.19.2-1+b1	716.1 kt	2,112.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	1.22.1-1	666.7 kt	1,814.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.22.1-1	648.3 kt	1,420.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.22.1-1	657.9 kt	1,907.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	1.22.1-1	693.8 kt	2,011.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.22.1-1	706.9 kt	2,011.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.22.1-1	685.7 kt	1,339.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.22.1-1	683.6 kt	1,555.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.22.1-1	742.2 kt	1,686.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.22.1-1	641.8 kt	7,784.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	1.22.1-1	683.9 kt	1,460.0 kt	[tiedostoluettelo]