Paquet : samtools (1.22.1-1 et autres)

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Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [www.htslib.org]

Paquets similaires :

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Samtools est un ensemble d'utilitaires qui manipulent les alignements de séquence de nucléotides dans le format binaire BAM. Il est capable d'importer et d'exporter à partir des formats ASCII SAM (Sequence Alignment/Map) et CRAM, de trier, de fusionner, d'indexer et de récupérer des enregistrements dans n'importe quelle région facilement. Il est conçu pour travailler sur un flux de données et est capable d'ouvrir un fichier BAM ou CRAM (mais pas SAM) sur un serveur HTTP ou FTP distant.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Réseau: Client, Protocole réseau: FTP, protocol::http, role::program, Champ d'application: Utilitaire, Boîte à outils d'interface utilisateur: Interface utilisateur texte ncurses, But: use::analysing, use::calculating, Filtrage, Fonctionne avec: Séquence biologique

Autres paquets associés à samtools

dépendances

recommandations

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enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ia64]

C library for high-throughput sequencing data formats

dep: libhts3t64 (>= 1.22.1+ds-1) [non ia64]
dep: libncurses6 (>= 6)

Bibliothèques partagées pour l'utilisation d'un terminal
dep: libtinfo6 (>= 6)

bibliothèque partagée terminfo de bas niveau pour manipuler le terminal
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

Bibliothèque de compression - binaires

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [alpha, armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

sug: cwltool

implémentation de la référence du langage Common Workflow

Télécharger samtools

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.22.1-1	673,3 ko	1 886,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.22.1-1	680,3 ko	1 495,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.22.1-1	650,1 ko	1 755,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.22.1-1	640,8 ko	1 748,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.22.1-1	645,0 ko	1 556,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.22.1-1	677,6 ko	1 439,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.22.1-1	713,4 ko	1 632,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.19.2-1+b1	716,1 ko	2 112,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	1.22.1-1	666,7 ko	1 814,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.22.1-1	648,3 ko	1 420,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.22.1-1	657,9 ko	1 907,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.22.1-1	693,8 ko	2 011,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.22.1-1	706,9 ko	2 011,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.22.1-1	685,7 ko	1 339,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.22.1-1	683,6 ko	1 555,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.22.1-1	742,2 ko	1 686,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.22.1-1	641,8 ko	7 784,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.22.1-1	683,9 ko	1 460,0 ko	[liste des fichiers]