Пакет: mafft (7.525-1 и другие)

Ссылки для mafft

Ресурсы Debian:

Исходный код mafft:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [mafft.cbrc.jp]

Подобные пакеты:

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

MAFFT is a multiple sequence alignment program which offers three accuracy-oriented methods:

 * L-INS-i (probably most accurate; recommended for <200 sequences;
   iterative refinement method incorporating local pairwise alignment
   information),
 * G-INS-i (suitable for sequences of similar lengths; recommended for
   <200 sequences; iterative refinement method incorporating global
   pairwise alignment information),
 * E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions;
   recommended for <200 sequences),

and five speed-oriented methods:

 * FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only),
 * FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations),
 * FFT-NS-2 (fast; progressive method),
 * FFT-NS-1 (very fast; recommended for >2000 sequences; progressive
   method with a rough guide tree),
 * NW-NS-PartTree-1 (recommended for ∼50,000 sequences; progressive
   method with the PartTree algorithm).

Теги: Биология: Clustal/ALN, Протеины, Область: field::biology, field::biology:bioinformatics, Реализовано на: implemented-in::c, interface::commandline, Роль: Программа, Область: Утилита, Цель: use::comparing, works-with-format::plaintext, Работает с: Биологические последовательности

Другие пакеты, относящиеся к mafft

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, loong64, sh4]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: perl

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

rec: blast2 [ia64]

Пакет недоступен
rec: libwww-perl

простой и надёжный интерфейс для Всемирной паутины
rec: lynx

класcический веб-браузер для текстового режима
rec: ncbi-blast+ [не ia64]

поиск первичных биологических последовательностей
rec: ruby

Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

enh: t-coffee

Multiple Sequence Alignment

Загрузка mafft

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	7.525-1	1 011,8 Кб	14 678,0 Кб	[список файлов]
amd64	7.525-1	1 158,5 Кб	13 589,0 Кб	[список файлов]
arm64	7.525-1	958,1 Кб	12 416,0 Кб	[список файлов]
armel	7.525-1	936,4 Кб	12 409,0 Кб	[список файлов]
armhf	7.525-1	783,4 Кб	9 145,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	7.525-1	897,3 Кб	11 170,0 Кб	[список файлов]
i386	7.525-1	1 010,4 Кб	13 541,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	7.505-1	1 103,2 Кб	24 053,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	7.525-1	970,8 Кб	13 369,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	7.525-1	981,4 Кб	10 985,0 Кб	[список файлов]
mips64el	7.525-1	887,6 Кб	14 552,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	7.525-1	1 051,8 Кб	17 174,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	7.525-1	1 028,2 Кб	16 470,0 Кб	[список файлов]
riscv64	7.525-1	1 087,4 Кб	9 730,0 Кб	[список файлов]
s390x	7.525-1	1 059,1 Кб	15 720,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	7.525-1	883,0 Кб	11 962,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	7.525-1	1 083,5 Кб	33 592,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	7.525-1	1 063,3 Кб	12 137,0 Кб	[список файлов]