Package: mafft (7.525-1 and others)

Links for mafft

Debian Resources:

Download Source Package mafft:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Charles Plessy (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)

External Resources:

Homepage [mafft.cbrc.jp]

Similar packages:

Program pro uspořádání aminokyselin a sekvencí nukleotidů

MAFFT je program pro vícenásobné sekvenční uspořádání, který provádí tři metody:

 * L-INS-i (pravděpodobně nejpřesnější; vhodná pro < 200 sekvencí;
   iterativní propracovaná metoda začlenění informací o místním
   uspořádání párů),
 * G-INS-i (vhodná pro sekvence podobných délek; vhodná pro < 200
   sekvencí; iterativní propracovaná metoda začlenění informací o
   globálním uspořádání párů),
 * E-INS-i (vhodná pro uspořádání obsahující rozsáhlé neuspořadatelné
   oblasti; doporučuje se pro < 200 sekvencí),
 a pět rychlostně-orientovaných metod:
  * FFT-NS-i (iterativní metoda; pouze dva cykly),
  * FFT-NS-i (iterativní metoda; maximálně 1000 cyklů),
  * FFT-NS-2 (rychlá; progresivní metoda),
  * FFT-NS-1 (velmi rychlá; doporučeno pro > 2000 sekvencí; progresivní
    metody s hrubým průchodem stromu),
  * NW-NS-PartTree-1 (doporučena pro ~50 000 sekvencí; progresivní metoda
    s algoritmem PartTree).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to mafft

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, loong64, sh4]

Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
also a virtual package provided by libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
also a virtual package provided by libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

rec: blast2 [ia64]

Package not available
rec: libwww-perl

simple and consistent interface to the world-wide web
rec: lynx

classic non-graphical (text-mode) web browser
rec: ncbi-blast+ [not ia64]

next generation suite of BLAST sequence search tools
rec: ruby

Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

enh: t-coffee

Multiple Sequence Alignment

Download mafft

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	7.525-1	1,011.8 kB	14,678.0 kB	[list of files]
amd64	7.525-1	1,158.5 kB	13,589.0 kB	[list of files]
arm64	7.525-1	958.1 kB	12,416.0 kB	[list of files]
armel	7.525-1	936.4 kB	12,409.0 kB	[list of files]
armhf	7.525-1	783.4 kB	9,145.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	7.525-1	897.3 kB	11,170.0 kB	[list of files]
i386	7.525-1	1,010.4 kB	13,541.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	7.505-1	1,103.2 kB	24,053.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	7.525-1	970.8 kB	13,369.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	7.525-1	981.4 kB	10,985.0 kB	[list of files]
mips64el	7.525-1	887.6 kB	14,552.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	7.525-1	1,051.8 kB	17,174.0 kB	[list of files]
ppc64el	7.525-1	1,028.2 kB	16,470.0 kB	[list of files]
riscv64	7.525-1	1,087.4 kB	9,730.0 kB	[list of files]
s390x	7.525-1	1,059.1 kB	15,720.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	7.525-1	883.0 kB	11,962.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	7.525-1	1,083.5 kB	33,592.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	7.525-1	1,063.3 kB	12,137.0 kB	[list of files]