Paket: mafft (7.525-1 und andere)

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Externe Ressourcen:

Homepage [mafft.cbrc.jp]

Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

MAFFT ist ein Programm für multiples Alignment, das drei auf Genauigkeit ausgerichtete Methoden bietet:

 * L-INS-i (wahrscheinlich am genauesten; empfohlen für < 200 Sequenzen;
   iterative Verfeinerung unter Verwendung lokaler paarweiser Alignments),
 * G-INS-i (geeignet für Sequenzen ähnlicher Längen; empfohlen für < 200
   Sequenzen; iterative Verfeinerung unter Verwendung globaler paarweiser
   Alignments),
 * E-INS-i (geeignet für Sequenzen mit großen, nicht abgleichbaren
   Regionen; empfohlen für < 200 Sequenzen).

Auch fünf geschwindigkeitsoptimierte Methoden sind enthalten:

  * FFT-NS-i (iterative Verfeinerung,nur zwei Zyklen),
  * FFT-NS-i (iterative Verfeinerung, max. 1000 Iterationen),
  * FFT-NS-2 (schnelle, progressive Methode),
  * FFT-NS-1 (sehr schnell; empfohlen für > 2000 Sequenzen; progressive
    Methode mit einem groben Führungsbaum),
  * NW-NS-PartTree-1 (empfohlen für ~ 50.000 Sequenzen; progressive
    Methode unter Verwendung des PartTree-Algorithmus).

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, Proteine, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::comparing, works-with-format::plaintext, Arbeitet mit: Biologische Sequenz

Andere Pakete mit Bezug zu mafft

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, loong64, sh4]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

rec: blast2 [ia64]

Paket nicht verfügbar
rec: libwww-perl

Einfache und konsistente Schnittstelle zum World Wide Web
rec: lynx

Klassischer Textmodus-Webbrowser (nicht graphisch)
rec: ncbi-blast+ [nicht ia64]

next generation suite of BLAST sequence search tools
rec: ruby

Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

enh: t-coffee

Multiple Sequence Alignment

mafft herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	7.525-1	1.011,8 kB	14.678,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	7.525-1	1.158,5 kB	13.589,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	7.525-1	958,1 kB	12.416,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	7.525-1	936,4 kB	12.409,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	7.525-1	783,4 kB	9.145,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	7.525-1	897,3 kB	11.170,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	7.525-1	1.010,4 kB	13.541,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	7.505-1	1.103,2 kB	24.053,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	7.525-1	970,8 kB	13.369,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	7.525-1	981,4 kB	10.985,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	7.525-1	887,6 kB	14.552,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	7.525-1	1.051,8 kB	17.174,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	7.525-1	1.028,2 kB	16.470,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	7.525-1	1.087,4 kB	9.730,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	7.525-1	1.059,1 kB	15.720,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	7.525-1	883,0 kB	11.962,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	7.525-1	1.083,5 kB	33.592,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	7.525-1	1.063,3 kB	12.137,0 kB	[Liste der Dateien]