Paket: mafft (7.525-1 och andra)

Länkar för mafft

Debianresurser:

Hämta källkodspaketet mafft:

Ansvariga:

Debian Med Packaging Team (QA-sida, E-postarkiv)
Charles Plessy (QA-sida)
Andreas Tille (QA-sida)

Externa resurser:

Hemsida [mafft.cbrc.jp]

Liknande paket:

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

MAFFT is a multiple sequence alignment program which offers three accuracy-oriented methods:

 * L-INS-i (probably most accurate; recommended for <200 sequences;
   iterative refinement method incorporating local pairwise alignment
   information),
 * G-INS-i (suitable for sequences of similar lengths; recommended for
   <200 sequences; iterative refinement method incorporating global
   pairwise alignment information),
 * E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions;
   recommended for <200 sequences),

and five speed-oriented methods:

 * FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only),
 * FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations),
 * FFT-NS-2 (fast; progressive method),
 * FFT-NS-1 (very fast; recommended for >2000 sequences; progressive
   method with a rough guide tree),
 * NW-NS-PartTree-1 (recommended for ∼50,000 sequences; progressive
   method with the PartTree algorithm).

Märken: Biologi: Clustal/ALN, Proteiner, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

Andra paket besläktade med mafft

beror

rekommenderar

föreslår

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, ia64, loong64, sh4]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

rec: blast2 [ia64]

Paketet inte tillgängligt
rec: libwww-perl

simple and consistent interface to the world-wide web
rec: lynx

classic non-graphical (text-mode) web browser
rec: ncbi-blast+ [ej ia64]

next generation suite of BLAST sequence search tools
rec: ruby

Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

enh: t-coffee

Multiple Sequence Alignment

Hämta mafft

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	7.525-1	1.011,8 kbyte	14.678,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	7.525-1	1.158,5 kbyte	13.589,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	7.525-1	958,1 kbyte	12.416,0 kbyte	[filförteckning]
armel	7.525-1	936,4 kbyte	12.409,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	7.525-1	783,4 kbyte	9.145,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	7.525-1	897,3 kbyte	11.170,0 kbyte	[filförteckning]
i386	7.525-1	1.010,4 kbyte	13.541,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	7.505-1	1.103,2 kbyte	24.053,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	7.525-1	970,8 kbyte	13.369,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	7.525-1	981,4 kbyte	10.985,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	7.525-1	887,6 kbyte	14.552,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	7.525-1	1.051,8 kbyte	17.174,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	7.525-1	1.028,2 kbyte	16.470,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	7.525-1	1.087,4 kbyte	9.730,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	7.525-1	1.059,1 kbyte	15.720,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	7.525-1	883,0 kbyte	11.962,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	7.525-1	1.083,5 kbyte	33.592,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	7.525-1	1.063,3 kbyte	12.137,0 kbyte	[filförteckning]