Paquet : mafft (7.525-1 et autres)

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Paquets similaires :

programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

MAFFT est un programme d'alignement multiple de séquences qui offre trois méthodes orientées précision : - L-INS-i : probablement la plus précise ; recommandée pour moins de

   200 séquences ; méthode de raffinement itératif qui incorpore les
   informations d'alignement des paires locales ;

- G-INS-i : convient pour des séquences de longueurs similaires ;

   recommandée pour moins de 200 séquences ; méthode de raffinement
   itératif qui incorpore les informations d'alignement des paires
   globales ;

- E-INS-i : convient pour des séquences qui contiennent de grandes régions

   non-alignables ; recommandée pour moins de 200 séquences.
   MAFFT fournit également cinq méthodes orientées vitesse :
 - FFT-NS-i : méthode de raffinement itératif de deux cycles seulement ;
 - FFT-NS-i : méthode de raffinement itératif d'un maximum de 1 000

itérations ;

 - FFT-NS-2 : rapide, méthode progressive ;
 - FFT-NS-1 : très rapide, recommandé pour plus de 2 000 séquences ;
    méthode progressive avec un arbre de recherche grossier ;
 - NW-NS-PartTree-1 : recommandé pour environ 50 000 séquences ; méthode
    progressive avec l'algorithme PartTree.

Étiquettes: Biologie: Clustal et ALN, Protéines, Domaine: field::biology, field::biology:bioinformatics, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::comparing, works-with-format::plaintext, Fonctionne avec: Séquence biologique

Autres paquets associés à mafft

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: perl

langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

rec: blast2 [ia64]

Paquet indisponible
rec: libwww-perl

interface simple et cohérente au world-wide web
rec: lynx

navigateur web non graphique (en mode texte)
rec: ncbi-blast+ [non ia64]

suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération
rec: ruby

interpréteur pour le langage de script orienté objet Ruby – version par défaut

enh: t-coffee

alignement multiple de séquences

Télécharger mafft

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	7.525-1	1 011,8 ko	14 678,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	7.525-1	1 158,5 ko	13 589,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	7.525-1	958,1 ko	12 416,0 ko	[liste des fichiers]
armel	7.525-1	936,4 ko	12 409,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	7.525-1	783,4 ko	9 145,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	7.525-1	897,3 ko	11 170,0 ko	[liste des fichiers]
i386	7.525-1	1 010,4 ko	13 541,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	7.505-1	1 103,2 ko	24 053,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	7.525-1	970,8 ko	13 369,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	7.525-1	981,4 ko	10 985,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	7.525-1	887,6 ko	14 552,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	7.525-1	1 051,8 ko	17 174,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	7.525-1	1 028,2 ko	16 470,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	7.525-1	1 087,4 ko	9 730,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	7.525-1	1 059,1 ko	15 720,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	7.525-1	883,0 ko	11 962,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	7.525-1	1 083,5 ko	33 592,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	7.525-1	1 063,3 ko	12 137,0 ko	[liste des fichiers]