Paquet : ncbi-blast+ (2.17.0+ds-1 et autres)

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Paquets similaires :

suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) est l'outil de similarité de séquences le plus répandu. Il existe des versions de BLAST qui comparent des séquences-test de protéine à des bases de données de protéines, des séquences-test de nucléotide à des bases de données de nucléotides, ainsi que des versions qui traduisent des séquences-test ou des bases de données de nucléotides dans tous les six cadres de lecture et les comparent à des bases de données de protéines ou à des séquences-test. PSI-BLAST produit une matrice de similarité d’alignement (PSSM — position-specific-scoring- matrix) à partir d’une séquence-test de protéine, puis utilise cette PSSM pour effectuer des recherches complémentaires. Il est aussi possible de comparer une séquence-test de protéine ou de nucléotide à une base de données de PSSM. NCBI gère une page web pour BLAST sur blast.ncbi.nlm.nih.gov ainsi qu'un service réseau.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, But: use::analysing, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à ncbi-blast+

dépendances

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enhances

dep: libatomic1 (>= 4.8) [armel, m68k, sh4]

bibliothèque de prise en charge fournissant des fonctions internes __atomic
dep: libbz2-1.0

Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)
dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-19) [loong64]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, x32]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64, ppc64el, sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: liblmdb0 (>= 0.9.7)

bibliothèque partagée Lightning Memory-Mapped Database
dep: libmbedcrypto16 (>= 3.6.0) [non alpha, ia64]

lightweight crypto and SSL/TLS library - crypto library
dep: libmbedcrypto7t64 (>= 2.28.0) [alpha, ia64]

lightweight crypto and SSL/TLS library - crypto library
dep: libmbedtls14t64 (>= 2.28.0) [alpha, ia64]

lightweight crypto and SSL/TLS library - tls library
dep: libmbedtls21 (>= 3.6.0) [non alpha, ia64]

lightweight crypto and SSL/TLS library - tls library
dep: libmbedx509-7 (>= 3.6.0) [non alpha, ia64]

lightweight crypto and SSL/TLS library - x509 certificate library
dep: libncbi-vdb3 (>= 3.2.1+dfsg) [amd64, arm64]

libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives
dep: libnghttp2-14 (>= 1.28.0) [non alpha, ia64]

bibliothèque implémentant le protocole HTTP/2 –⋅bibliothèque partagée
dep: libpcre2-8-0 (>= 10.22) [non alpha, ia64]

nouvelle bibliothèque d'expressions rationnelles compatibles Perl –⋅fichiers d'exécution⋅8⋅bits
dep: libsqlite3-0 (>= 3.6.12) [non alpha, ia64]

Bibliothèque partagée SQLite 3
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, ia64, m68k]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 14) [non alpha, ia64, m68k]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: libuv1 (>= 1.33.1) [x32]

asynchronous event notification library - runtime library
dep: libuv1t64 (>= 1.33.1) [non alpha, ia64, x32]

asynchronous event notification library - runtime library
dep: libzstd1 (>= 1.5.5) [amd64, arm64]

algorithme de compression rapide sans perte
dep: ncbi-data

données indépendantes de la plateforme pour le kit de développement du NCBI
dep: perl

langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: sse4.2-support [amd64]

CPU feature checking - require SSE4.2
dep: zlib1g (>= 1:1.2.11.dfsg)

Bibliothèque de compression - binaires

enh: t-coffee

alignement multiple de séquences

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Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.12.0+ds-4+b1	11 414,4 ko	59 755,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.17.0+ds-1	16 587,1 ko	71 954,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.17.0+ds-1	14 684,1 ko	73 146,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2.16.0+ds-7	12 852,0 ko	60 567,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2.16.0+ds-7	13 117,6 ko	50 136,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.16.0+ds-7	14 764,6 ko	70 293,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.16.0+ds-7	16 216,4 ko	68 340,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.12.0+ds-4+b1	13 417,0 ko	85 192,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	2.16.0+ds-7	13 977,1 ko	68 362,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.16.0+ds-7	14 127,3 ko	61 838,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.16.0+ds-7	11 851,5 ko	87 015,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.16.0+ds-7	14 665,2 ko	86 223,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.16.0+ds-7	14 625,5 ko	79 183,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.16.0+ds-7	14 369,6 ko	56 126,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.16.0+ds-7	14 171,8 ko	66 162,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.16.0+ds-7	25 847,0 ko	177 196,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.16.0+ds-7	12 226,9 ko	149 925,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.16.0+ds-6+b1	14 955,6 ko	60 947,0 ko	[liste des fichiers]