Package: mafft (7.525-1 and others)

Links for mafft

Debian Resources:

Download Source Package mafft:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Charles Plessy (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)

External Resources:

Homepage [mafft.cbrc.jp]

Similar packages:

programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche

MAFFT è un programma per l'allineamento di sequenze multiple che offre tre metodi orientati all'accuratezza:

  * L-INS-i (probabilmente il più accurato; raccomandato per meno di 200
    sequenze; metodo di raffinamento con iterazioni che incorpora
    informazioni sull'allineamento locale di coppie);
  * G-INS-i (adatto per sequenze di lunghezza simile; raccomandato per
    meno di 200 sequenze; metodo di raffinamento con iterazioni che
    incorpora informazioni sull'allineamento globale di coppie);
  * E-INS-i (adatto per sequenze contenenti grandi regioni non
    allineabili; raccomandato per meno di 200 sequenze);

e cinque metodi orientati alla velocità:

  * FFT-NS-i (metodo di raffinamento con iterazioni; solo due cicli);
  * FFT-NS-i (metodo di raffinamento con iterazioni; massimo 1000
    iterazioni);
  * FFT-NS-2 (veloce; metodo progressivo);
  * FFT-NS-1 (molto veloce; raccomandato per più di 2000 sequenze;
    metodo progressivo con un albero guida grezzo);
  * NW-NS-PartTree-1 (raccomandato per ~50.000 sequenze; metodo
    progressivo con l'algoritmo PartTree).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

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dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, loong64, sh4]

Libreria C GNU: librerie condivise
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dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: perl

"Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

rec: blast2 [ia64]

Package not available
rec: libwww-perl

interfaccia semplice e coerente al world-wide web
rec: lynx

browser web non grafico (modalità testuale) classico
rec: ncbi-blast+ [not ia64]

suite di prossima generazione degli strumenti di ricerca di sequenze BLAST
rec: ruby

interprete per il linguaggio di scripting orientato agli oggetti Ruby (versione predefinita)

enh: t-coffee

allineamento di sequenze multiple

Download mafft

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	7.525-1	1,011.8 kB	14,678.0 kB	[list of files]
amd64	7.525-1	1,158.5 kB	13,589.0 kB	[list of files]
arm64	7.525-1	958.1 kB	12,416.0 kB	[list of files]
armel	7.525-1	936.4 kB	12,409.0 kB	[list of files]
armhf	7.525-1	783.4 kB	9,145.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	7.525-1	897.3 kB	11,170.0 kB	[list of files]
i386	7.525-1	1,010.4 kB	13,541.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	7.505-1	1,103.2 kB	24,053.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	7.525-1	970.8 kB	13,369.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	7.525-1	981.4 kB	10,985.0 kB	[list of files]
mips64el	7.525-1	887.6 kB	14,552.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	7.525-1	1,051.8 kB	17,174.0 kB	[list of files]
ppc64el	7.525-1	1,028.2 kB	16,470.0 kB	[list of files]
riscv64	7.525-1	1,087.4 kB	9,730.0 kB	[list of files]
s390x	7.525-1	1,059.1 kB	15,720.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	7.525-1	883.0 kB	11,962.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	7.525-1	1,083.5 kB	33,592.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	7.525-1	1,063.3 kB	12,137.0 kB	[list of files]