パッケージ: mafft (7.525-1 など)

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mafft ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [mafft.cbrc.jp]

類似のパッケージ:

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

MAFFT is a multiple sequence alignment program which offers three accuracy-oriented methods:

 * L-INS-i (probably most accurate; recommended for <200 sequences;
   iterative refinement method incorporating local pairwise alignment
   information),
 * G-INS-i (suitable for sequences of similar lengths; recommended for
   <200 sequences; iterative refinement method incorporating global
   pairwise alignment information),
 * E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions;
   recommended for <200 sequences),

and five speed-oriented methods:

 * FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only),
 * FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations),
 * FFT-NS-2 (fast; progressive method),
 * FFT-NS-1 (very fast; recommended for >2000 sequences; progressive
   method with a rough guide tree),
 * NW-NS-PartTree-1 (recommended for ∼50,000 sequences; progressive
   method with the PartTree algorithm).

タグ: 生物学: Clustal/ALN, タンパク質, 分野: field::biology, field::biology:bioinformatics, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::comparing, works-with-format::plaintext, 取り扱い対象: 生物学的配列

その他の mafft 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, loong64, sh4 以外]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: perl

Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

rec: blast2 [ia64]

パッケージは利用できません
rec: libwww-perl

world-wide web へのシンプルで一貫性のあるインターフェース
rec: lynx

classic non-graphical (text-mode) web browser
rec: ncbi-blast+ [ia64 以外]

next generation suite of BLAST sequence search tools
rec: ruby

Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

enh: t-coffee

Multiple Sequence Alignment

mafft のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	7.525-1	1,011.8 kB	14,678.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	7.525-1	1,158.5 kB	13,589.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	7.525-1	958.1 kB	12,416.0 kB	[ファイル一覧]
armel	7.525-1	936.4 kB	12,409.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	7.525-1	783.4 kB	9,145.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	7.525-1	897.3 kB	11,170.0 kB	[ファイル一覧]
i386	7.525-1	1,010.4 kB	13,541.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	7.505-1	1,103.2 kB	24,053.0 kB	[ファイル一覧]
loong64 (非公式の移植版)	7.525-1	970.8 kB	13,369.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	7.525-1	981.4 kB	10,985.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	7.525-1	887.6 kB	14,552.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	7.525-1	1,051.8 kB	17,174.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	7.525-1	1,028.2 kB	16,470.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	7.525-1	1,087.4 kB	9,730.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	7.525-1	1,059.1 kB	15,720.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	7.525-1	883.0 kB	11,962.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	7.525-1	1,083.5 kB	33,592.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	7.525-1	1,063.3 kB	12,137.0 kB	[ファイル一覧]