Пакет: t-coffee (13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 и другие)

Ссылки для t-coffee

Ресурсы Debian:

Исходный код t-coffee:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [www.tcoffee.org]

Подобные пакеты:

Multiple Sequence Alignment

T-Coffee is a multiple sequence alignment package. Given a set of sequences (Proteins or DNA), T-Coffee generates a multiple sequence alignment. Version 2.00 and higher can mix sequences and structures.

T-Coffee allows the combination of a collection of multiple/pairwise, global or local alignments into a single model. It can also estimate the level of consistency of each position within the new alignment with the rest of the alignments. See the pre-print for more information

T-Coffee has a special called M-Coffee that makes it possible to combine the output of many multiple sequence alignment packages. In its published version, it uses MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA and T-Coffee. A special version has been made for Debian, DM-Coffee, that uses only free software by replacing Clustal W by Kalign. Using the 8 Methods of M-Coffee can sometimes be a bit heavy. You can use a subset of your favorite methods if you prefer.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c, interface::commandline, Роль: Программа, Область: Утилита, Цель: use::analysing, use::comparing, Поддерживаемые форматы: Требуется дополнительный тег, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Другие пакеты, относящиеся к t-coffee

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, hppa, ia64, m68k, ppc64, ppc64el, sh4]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

стандартная библиотека GNU C++ версии 3

dep: libstdc++6 (>= 4.1.1) [не riscv64]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime

rec: amap-align

Protein multiple alignment by sequence annealing
rec: clustalo

General-purpose multiple sequence alignment program for proteins
rec: clustalw

global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
rec: dialign-tx

Segment-based multiple sequence alignment
rec: fsa

Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences
rec: kalign

Global and progressive multiple sequence alignment
rec: libsoap-lite-perl

Perl implementation of a SOAP client and server
rec: libxml-simple-perl

Perl module for reading and writing XML
rec: mafft

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
rec: muscle

Multiple alignment program of protein sequences
rec: mustang

multiple structural alignment of proteins
rec: ncbi-blast+

поиск первичных биологических последовательностей
rec: poa

Partial Order Alignment for multiple sequence alignment
rec: prank

Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
rec: probcons

PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment
rec: proda

multiple alignment of protein sequences
rec: tm-align

structural alignment of proteins

sug: boxshade

создание красивых распечаток множественного выравнивания последовательностей
sug: seaview

Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny
sug: t-coffee-examples

annotated examples for the use of T-Coffee

Загрузка t-coffee

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	997,0 Кб	3 340,0 Кб	[список файлов]
amd64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1 007,5 Кб	2 715,0 Кб	[список файлов]
arm64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	894,1 Кб	2 634,0 Кб	[список файлов]
armel	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	846,5 Кб	2 569,0 Кб	[список файлов]
armhf	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	857,3 Кб	1 929,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	910,9 Кб	2 720,0 Кб	[список файлов]
i386	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1 010,5 Кб	3 033,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1 208,2 Кб	5 405,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	893,9 Кб	2 825,0 Кб	[список файлов]
mips64el	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	950,6 Кб	3 380,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1 020,1 Кб	3 466,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1 063,4 Кб	3 402,0 Кб	[список файлов]
riscv64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1+b1	996,7 Кб	2 295,0 Кб	[список файлов]
s390x	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	921,2 Кб	2 974,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1 073,0 Кб	2 570,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	835,5 Кб	3 150,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1 010,6 Кб	2 710,0 Кб	[список файлов]