Пакет: nanopolish (0.14.0-2 и други)

Връзки за nanopolish

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник nanopolish.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [github.com]

Подобни пакети:

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Други пакети, свързани с nanopolish

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.29) [ppc64]

dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, loong64, ppc64, sh4, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64el, x32]

GCC support library

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC support library
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC support library
dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

Пакетът не е наличен
dep: libgomp1 (>= 4.9) [sparc64]

GCC OpenMP (GOMP) support library

dep: libgomp1 (>= 6) [не sparc64]
dep: libhdf5-100 [sparc64]

Пакетът не е наличен
dep: libhdf5-103-1 [ppc64]

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [не ia64, ppc64, sparc64]

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libhts2 [sparc64]

Пакетът не е наличен
dep: libhts3 (>= 1.10) [ppc64]

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [не ppc64, sparc64]

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg) [hppa]

library for reading & writing SLOW5 files
dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1) [не hppa, ppc64, sparc64]

library for reading & writing SLOW5 files
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

GNU Standard C++ Library v3

dep: libstdc++6 (>= 14) [не ia64, ppc64, sparc64]

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

dep: libstdc++6 (>= 9) [ppc64]
dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1) [не ppc64, sparc64]

fast integer compression in C using the StreamVByte codec
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: perl [не sparc64]

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
dep: python3 [не sparc64]

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

compression library - runtime

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

rec: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
rec: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

sug: make

utility for directing compilation
sug: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
sug: python [sparc64]

Пакетът не е наличен

Изтегляне на nanopolish

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	0.14.0-2	2 142,2 кБ	9 861,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	0.14.0-2	2 153,9 кБ	9 654,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	0.14.0-2	2 080,6 кБ	9 474,0 кБ	[списък на файловете]
armel	0.14.0-2	2 085,5 кБ	9 600,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	0.14.0-2	2 090,9 кБ	9 216,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	0.14.0-2	2 145,4 кБ	9 759,0 кБ	[списък на файловете]
i386	0.14.0-2	2 173,9 кБ	9 728,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	0.14.0-1+b1	2 281,9 кБ	10 820,0 кБ	[списък на файловете]
loong64 (неофициална архитектура)	0.14.0-2	2 107,9 кБ	9 600,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	0.14.0-2	2 120,9 кБ	9 688,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	0.14.0-2	2 108,4 кБ	9 845,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	0.13.3-2	2 208,6 кБ	9 987,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	0.14.0-2	2 154,3 кБ	9 794,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	0.14.0-2	2 145,1 кБ	9 306,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	0.14.0-2	2 236,6 кБ	9 601,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	0.5.0-1+b1	1 799,8 кБ	3 490,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	0.14.0-2	2 154,5 кБ	9 556,0 кБ	[списък на файловете]