[ Source: nanopolish ]
Paketti: nanopolish (0.14.0-1 ja muut)
Links for nanopolish
Debian-palvelut:
Imuroi lähdekoodipaketti nanopolish:
Ylläpitäjät:
External Resources:
- Kotisivu [github.com]
Samankaltaisia paketteja:
consensus caller for nanopore sequencing data
Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.
Muut pakettiin nanopolish liittyvät paketit
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]
- GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.29) [ppc64]
- dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, ppc64, sh4, sparc64]
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, i386, mips64el, x32]
- GCC:n apukirjasto
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC:n apukirjasto
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC:n apukirjasto
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]
- Paketti ei saatavilla
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9) [sparc64]
- GCC OpenMP (GOMP) support library
- dep: libgomp1 (>= 6) [ei sparc64]
-
- dep: libhdf5-100 [sparc64]
- Paketti ei saatavilla
-
- dep: libhdf5-103-1 [ppc64]
- HDF5 C runtime files - serial version
-
- dep: libhdf5-103-1t64 [ei ppc64, sparc64]
- HDF5 C runtime files - serial version
-
- dep: libhts2 [sparc64]
- Paketti ei saatavilla
-
- dep: libhts3 (>= 1.10) [ppc64]
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ei ppc64, sparc64]
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libslow5-0 (>= 0.5.1) [x32]
- library for reading & writing SLOW5 files
- dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg) [hppa]
-
- dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1) [ei hppa, ppc64, sparc64, x32]
- library for reading & writing SLOW5 files
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ei ppc64, sparc64]
- GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]
- dep: libstdc++6 (>= 9) [ppc64]
-
- dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1) [ei ppc64, sparc64]
- fast integer compression in C using the StreamVByte codec
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- library to determine the call-chain of a program - runtime
-
- dep: perl [ei sparc64]
- Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten
-
- dep: python3 [ei sparc64]
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ei armel, armhf]
- pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf]
-
- rec: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
-
- rec: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
Imuroi nanopolish
| Arkkitehtuuri | Versio | Paketin koko | Koko asennettuna | Tiedostot |
|---|---|---|---|---|
| alpha (epävirallinen siirros) | 0.14.0-1+b1 | 2,133.7 kt | 9,606.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| amd64 | 0.14.0-1+b1 | 2,144.8 kt | 9,343.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| arm64 | 0.14.0-1+b1 | 2,073.9 kt | 9,219.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| armel | 0.14.0-1+b1 | 2,078.6 kt | 9,253.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| armhf | 0.14.0-1+b1 | 2,085.1 kt | 8,861.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| hppa (epävirallinen siirros) | 0.14.0-1+b1 | 2,149.1 kt | 9,501.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| i386 | 0.14.0-1+b1 | 2,167.9 kt | 9,413.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| ia64 (epävirallinen siirros) | 0.14.0-1+b1 | 2,281.9 kt | 10,820.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| m68k (epävirallinen siirros) | 0.14.0-1+b1 | 2,117.9 kt | 9,409.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| mips64el | 0.14.0-1+b1 | 2,105.4 kt | 9,592.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| ppc64 (epävirallinen siirros) | 0.13.3-2 | 2,208.6 kt | 9,987.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| ppc64el | 0.14.0-1+b1 | 2,149.2 kt | 9,603.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| riscv64 | 0.14.0-1+b2 | 2,150.1 kt | 9,083.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| sh4 (epävirallinen siirros) | 0.14.0-1+b1 | 2,257.1 kt | 9,347.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| sparc64 (epävirallinen siirros) | 0.5.0-1+b1 | 1,799.8 kt | 3,490.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| x32 (epävirallinen siirros) | 0.14.0-1+b1 | 2,144.4 kt | 9,241.0 kt | [tiedostoluettelo] |