[ ソース: nanopolish ]
パッケージ: nanopolish (0.14.0-1 など)
nanopolish に関するリンク
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メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [github.com]
類似のパッケージ:
consensus caller for nanopore sequencing data
Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.
その他の nanopolish 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.29) [ppc64]
- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, ppc64, sh4, sparc64 以外]
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, i386, mips64el, x32]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9) [sparc64]
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
- dep: libgomp1 (>= 6) [sparc64 以外]
-
- dep: libhdf5-100 [sparc64]
- パッケージは利用できません
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- dep: libhdf5-103-1 [ppc64]
- HDF5 C runtime files - serial version
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- dep: libhdf5-103-1t64 [ppc64, sparc64 以外]
- HDF5 C runtime files - serial version
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- dep: libhts2 [sparc64]
- パッケージは利用できません
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- dep: libhts3 (>= 1.10) [ppc64]
- C library for high-throughput sequencing data formats
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- dep: libhts3t64 (>= 1.17) [ppc64, sparc64 以外]
- C library for high-throughput sequencing data formats
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- dep: libslow5-0 (>= 0.5.1) [x32]
- library for reading & writing SLOW5 files
- dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg) [hppa]
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- dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1) [hppa, ppc64, sparc64, x32 以外]
- library for reading & writing SLOW5 files
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ppc64, sparc64 以外]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]
- dep: libstdc++6 (>= 9) [ppc64]
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- dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1) [ppc64, sparc64 以外]
- fast integer compression in C using the StreamVByte codec
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- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
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- dep: perl [sparc64 以外]
- Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
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- dep: python3 [sparc64 以外]
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf 以外]
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf]
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- rec: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
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- rec: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
nanopolish のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 0.14.0-1+b1 | 2,133.7 kB | 9,606.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 0.14.0-1+b1 | 2,144.8 kB | 9,343.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 0.14.0-1+b1 | 2,073.9 kB | 9,219.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 0.14.0-1+b1 | 2,078.6 kB | 9,253.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 0.14.0-1+b1 | 2,085.1 kB | 8,861.0 kB | [ファイル一覧] |
| hppa (非公式の移植版) | 0.14.0-1+b1 | 2,149.1 kB | 9,501.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 0.14.0-1+b1 | 2,167.9 kB | 9,413.0 kB | [ファイル一覧] |
| ia64 (非公式の移植版) | 0.14.0-1+b1 | 2,281.9 kB | 10,820.0 kB | [ファイル一覧] |
| m68k (非公式の移植版) | 0.14.0-1+b1 | 2,117.9 kB | 9,409.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 0.14.0-1+b1 | 2,105.4 kB | 9,592.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 0.13.3-2 | 2,208.6 kB | 9,987.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 0.14.0-1+b1 | 2,149.2 kB | 9,603.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 0.14.0-1+b2 | 2,150.1 kB | 9,083.0 kB | [ファイル一覧] |
| sh4 (非公式の移植版) | 0.14.0-1+b1 | 2,257.1 kB | 9,347.0 kB | [ファイル一覧] |
| sparc64 (非公式の移植版) | 0.5.0-1+b1 | 1,799.8 kB | 3,490.0 kB | [ファイル一覧] |
| x32 (非公式の移植版) | 0.14.0-1+b1 | 2,144.4 kB | 9,241.0 kB | [ファイル一覧] |