Пакет: nanopolish (0.14.0-2 и другие)

Ссылки для nanopolish

Ресурсы Debian:

Исходный код nanopolish:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Другие пакеты, относящиеся к nanopolish

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.29) [ppc64]

dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, loong64, ppc64, sh4, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64el, x32]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

Пакет недоступен
dep: libgomp1 (>= 4.9) [sparc64]

вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

dep: libgomp1 (>= 6) [не sparc64]
dep: libhdf5-100 [sparc64]

Пакет недоступен
dep: libhdf5-103-1 [ppc64]

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [не ia64, ppc64, sparc64]

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libhts2 [sparc64]

Пакет недоступен
dep: libhts3 (>= 1.10) [ppc64]

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [не ppc64, sparc64]

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg) [hppa]

library for reading & writing SLOW5 files
dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1) [не hppa, ppc64, sparc64]

library for reading & writing SLOW5 files
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

стандартная библиотека GNU C++ версии 3

dep: libstdc++6 (>= 14) [не ia64, ppc64, sparc64]

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

dep: libstdc++6 (>= 9) [ppc64]
dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1) [не ppc64, sparc64]

fast integer compression in C using the StreamVByte codec
dep: libunwind8 [ia64]

библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе
dep: perl [не sparc64]

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
dep: python3 [не sparc64]

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

библиотека сжатия

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

rec: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
rec: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

sug: make

утилита управления компиляцией
sug: perl

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
sug: python [sparc64]

Пакет недоступен

Загрузка nanopolish

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	0.14.0-2	2 142,2 Кб	9 861,0 Кб	[список файлов]
amd64	0.14.0-2	2 153,9 Кб	9 654,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.14.0-2	2 080,6 Кб	9 474,0 Кб	[список файлов]
armel	0.14.0-2	2 085,5 Кб	9 600,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.14.0-2	2 090,9 Кб	9 216,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	0.14.0-2	2 145,4 Кб	9 759,0 Кб	[список файлов]
i386	0.14.0-2	2 173,9 Кб	9 728,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	0.14.0-1+b1	2 281,9 Кб	10 820,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	0.14.0-2	2 107,9 Кб	9 600,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	0.14.0-2	2 120,9 Кб	9 688,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.14.0-2	2 108,4 Кб	9 845,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.13.3-2	2 208,6 Кб	9 987,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.14.0-2	2 154,3 Кб	9 794,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.14.0-2	2 145,1 Кб	9 306,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	0.14.0-2	2 236,6 Кб	9 601,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	0.5.0-1+b1	1 799,8 Кб	3 490,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	0.14.0-2	2 154,5 Кб	9 556,0 Кб	[список файлов]