Pakiet: python3-pairtools (1.1.3-2 i inne)

Odnośniki dla python3-pairtools

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego pairtools:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Inne pakiety związane z python3-pairtools

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: cython3 [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

Rozszerzenia języka C dla Pythona 3
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, mips64el, ppc64, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie hppa, ia64, m68k, ppc64, sparc64, x32]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libstdc++6 (>= 11) [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

dep: python3 (<< 3.11) [ia64, x32]

dep: python3 (<< 3.12) [hppa, ppc64, sparc64]

dep: python3 (<< 3.14) [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

dep: python3 (>= 3.12~) [m68k, sh4]

dep: python3 (>= 3.13~) [alpha, amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, riscv64]
dep: python3-bioframe [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes
dep: python3-click

Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x
dep: python3-nose [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

Pakiet niedostępny
dep: python3-numpy [alpha, amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, riscv64]

Biblioteka Pythona do obliczeń numerycznych (Python 3)

dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0) [m68k, sh4]
dep: python3-numpy-abi9 [hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]

pakiet wirtualny udostępniany przez python3-numpy
dep: python3-numpy2-abi0 [alpha, amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, riscv64]

pakiet wirtualny udostępniany przez python3-numpy

lub python3-numpy-abi9

pakiet wirtualny udostępniany przez python3-numpy
dep: python3-pandas [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

data structures for "relational" or "labeled" data
dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~) [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-scipy [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

Narzędzia naukowe dla Pythona 3
dep: python3-standard-pipes [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

pipes Standard Python Lib (Python 3)
dep: python3-yaml [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

YAML parser and emitter for Python3

sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)

Pobieranie python3-pairtools

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.1.3-2	188,6 KiB	927,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.1.3-2	203,1 KiB	840,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.1.3-2	184,4 KiB	924,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	0.3.0-3.2+b2	144,6 KiB	640,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0.3.0-3.2+b1	137,3 KiB	612,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	1.1.3-2	194,3 KiB	924,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.1.2-1	216,9 KiB	1 096,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.1.3-2	180,0 KiB	939,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0.3.0-3.2+b2	146,6 KiB	752,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.1.3-2	196,3 KiB	988,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.1.3-2	198,1 KiB	732,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.1.2-1	279,6 KiB	1 312,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0.3.0-3.2+b2	125,9 KiB	2 292,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0.3.0-3.2+b1	121,6 KiB	405,0 KiB	[lista plików]