Пакет: python3-pairtools (1.1.3-2 и другие)

Ссылки для python3-pairtools

Ресурсы Debian:

Исходный код pairtools:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Другие пакеты, относящиеся к python3-pairtools

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: cython3 [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

C-Extensions for Python 3
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, mips64el, ppc64, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не hppa, ia64, m68k, ppc64, sparc64, x32]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libstdc++6 (>= 11) [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

dep: python3 (<< 3.11) [ia64, x32]

dep: python3 (<< 3.12) [hppa, ppc64, sparc64]

dep: python3 (<< 3.14) [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

dep: python3 (>= 3.12~) [m68k, sh4]

dep: python3 (>= 3.13~) [alpha, amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, riscv64]
dep: python3-bioframe [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes
dep: python3-click

Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x
dep: python3-nose [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

Пакет недоступен
dep: python3-numpy [alpha, amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, riscv64]

Python library for numerical computations (Python 3)

dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0) [m68k, sh4]
dep: python3-numpy-abi9 [hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]

виртуальный пакет, предоставляемый python3-numpy
dep: python3-numpy2-abi0 [alpha, amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, riscv64]

виртуальный пакет, предоставляемый python3-numpy

или python3-numpy-abi9

виртуальный пакет, предоставляемый python3-numpy
dep: python3-pandas [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

data structures for "relational" or "labeled" data
dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~) [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-scipy [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

scientific tools for Python 3
dep: python3-standard-pipes [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

pipes Standard Python Lib (Python 3)
dep: python3-yaml [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

YAML parser and emitter for Python3

sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)

Загрузка python3-pairtools

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.1.3-2	188,6 Кб	927,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.1.3-2	203,1 Кб	840,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.1.3-2	184,4 Кб	924,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	0.3.0-3.2+b2	144,6 Кб	640,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	0.3.0-3.2+b1	137,3 Кб	612,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	1.1.3-2	194,3 Кб	924,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.1.2-1	216,9 Кб	1 096,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.1.3-2	180,0 Кб	939,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.3.0-3.2+b2	146,6 Кб	752,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.1.3-2	196,3 Кб	988,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.1.3-2	198,1 Кб	732,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.1.2-1	279,6 Кб	1 312,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	0.3.0-3.2+b2	125,9 Кб	2 292,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	0.3.0-3.2+b1	121,6 Кб	405,0 Кб	[список файлов]