Paketti: python3-pairtools (1.1.3-2 ja muut)

Links for python3-pairtools

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti pairtools:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Kotisivu [github.com]

Samankaltaisia paketteja:

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Muut pakettiin python3-pairtools liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: cython3 [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

C-Extensions for Python 3
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, mips64el, ppc64, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei hppa, ia64, m68k, ppc64, sparc64, x32]

GCC:n apukirjasto
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC:n apukirjasto
dep: libstdc++6 (>= 11) [ei hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

dep: python3 (<< 3.11) [ia64, x32]

dep: python3 (<< 3.12) [hppa, ppc64, sparc64]

dep: python3 (<< 3.14) [ei hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

dep: python3 (>= 3.12~) [m68k, sh4]

dep: python3 (>= 3.13~) [alpha, amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, riscv64]
dep: python3-bioframe [ei hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes
dep: python3-click

Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x
dep: python3-nose [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

Paketti ei saatavilla
dep: python3-numpy [alpha, amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, riscv64]

Python library for numerical computations (Python 3)

dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0) [m68k, sh4]
dep: python3-numpy-abi9 [hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]

näennäispaketti, jonka toteuttaa python3-numpy
dep: python3-numpy2-abi0 [alpha, amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64el, riscv64]

näennäispaketti, jonka toteuttaa python3-numpy

tai python3-numpy-abi9

näennäispaketti, jonka toteuttaa python3-numpy
dep: python3-pandas [ei hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

data structures for "relational" or "labeled" data
dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~) [ei hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-scipy [ei hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

scientific tools for Python 3
dep: python3-standard-pipes [ei hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

pipes Standard Python Lib (Python 3)
dep: python3-yaml [ei hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

YAML parser and emitter for Python3

sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)

Imuroi python3-pairtools

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.1.3-2	188.6 kt	927.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.1.3-2	203.1 kt	840.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.1.3-2	184.4 kt	924.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	0.3.0-3.2+b2	144.6 kt	640.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	0.3.0-3.2+b1	137.3 kt	612.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	1.1.3-2	194.3 kt	924.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.1.2-1	216.9 kt	1,096.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.1.3-2	180.0 kt	939.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	0.3.0-3.2+b2	146.6 kt	752.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.1.3-2	196.3 kt	988.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.1.3-2	198.1 kt	732.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.1.2-1	279.6 kt	1,312.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	0.3.0-3.2+b2	125.9 kt	2,292.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	0.3.0-3.2+b1	121.6 kt	405.0 kt	[tiedostoluettelo]