Pakiet: python3-pairtools (1.0.3-1)

Odnośniki dla python3-pairtools

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego pairtools:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Inne pakiety związane z python3-pairtools

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.4) [nie amd64, arm64, ppc64el]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libstdc++6 (>= 11)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

dep: python3 (<< 3.13)

dep: python3 (>= 3.11~)
dep: python3-bioframe

library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes
dep: python3-click

Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
dep: python3-numpy (>= 1:1.22.0)

Fast array facility to the Python language (Python 3)
dep: python3-numpy-abi9

pakiet wirtualny udostępniany przez python3-numpy
dep: python3-pandas

data structures for "relational" or "labeled" data
dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~)

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-scipy

scientific tools for Python 3
dep: python3-yaml

YAML parser and emitter for Python3

sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)

Pobieranie python3-pairtools

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	226,4 KiB	1 021,0 KiB	[lista plików]
arm64	202,3 KiB	1 043,0 KiB	[lista plików]
armel	199,0 KiB	903,0 KiB	[lista plików]
armhf	203,9 KiB	763,0 KiB	[lista plików]
i386	226,5 KiB	1 007,0 KiB	[lista plików]
mips64el	194,3 KiB	1 191,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	217,0 KiB	1 171,0 KiB	[lista plików]