Paquet : python3-pairtools (1.0.3-1 et autres)

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Paquets similaires :

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Autres paquets associés à python3-pairtools

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: cython3 [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

C-Extensions for Python 3
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, sparc64]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [alpha, amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, sh4]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 11) [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

dep: python3 (<< 3.11) [ia64, x32]

dep: python3 (<< 3.12) [hppa, ppc64, sparc64]

dep: python3 (<< 3.13) [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

dep: python3 (>= 3.11~) [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]
dep: python3-bioframe [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes
dep: python3-click

Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
dep: python3-nose [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

test discovery and running for Python3 unittest
dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

dep: python3-numpy (>= 1:1.22.0) [non hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64, x32]

dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0) [sh4]
dep: python3-numpy-abi9

paquet virtuel fourni par python3-numpy
dep: python3-pandas [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »
dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~) [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-scipy [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

outils scientifiques pour Python 3
dep: python3-yaml [non hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

analyseur et générateur de code YAML pour Python3

sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)

Télécharger python3-pairtools

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.0.3-1	207,9 ko	1 177,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.0.3-1	226,4 ko	1 021,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.0.3-1	202,3 ko	1 043,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.0.3-1	199,0 ko	903,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.0.3-1	203,9 ko	763,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.3.0-3.2+b2	144,6 ko	640,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.0.3-1	226,5 ko	1 007,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.3.0-3.2+b1	137,3 ko	612,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.0.3-1	202,5 ko	923,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.0.3-1	194,3 ko	1 191,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.3.0-3.2+b2	146,6 ko	752,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.0.3-1	217,0 ko	1 171,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.0.3-1	221,6 ko	871,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.0.3-1+b1	309,0 ko	1 152,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.3.0-3.2+b2	125,9 ko	2 292,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.3.0-3.2+b1	121,6 ko	405,0 ko	[liste des fichiers]