Paket: nanopolish (0.14.0-2)

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consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Andere Pakete mit Bezug zu nanopolish

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.38)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [nicht armhf, riscv64]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]
dep: libgomp1 (>= 6)

Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3)

Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate
dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1)

library for reading & writing SLOW5 files
dep: libstdc++6 (>= 14)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)

fast integer compression in C using the StreamVByte codec
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nicht armhf]

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armhf]

rec: python3-biopython

Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik
rec: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

sug: make

Werkzeug zur Steuerung der Kompilierung
sug: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

nanopolish herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	2.153,9 kB	9.654,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.080,6 kB	9.474,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	2.090,9 kB	9.216,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	2.173,9 kB	9.728,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.154,3 kB	9.794,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.145,1 kB	9.306,0 kB	[Liste der Dateien]