Пакет: python3-pairtools (1.0.3-1 и другие)

Ссылки для python3-pairtools

Ресурсы Debian:

Исходный код pairtools:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Другие пакеты, относящиеся к python3-pairtools

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: cython3 [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

C-Extensions for Python 3
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, sparc64]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [alpha, amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, sh4]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libstdc++6 (>= 11) [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

dep: python3 (<< 3.11) [ia64, x32]

dep: python3 (<< 3.12) [hppa, ppc64, sparc64]

dep: python3 (<< 3.13) [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

dep: python3 (>= 3.11~) [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]
dep: python3-bioframe [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes
dep: python3-click

Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
dep: python3-nose [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

test discovery and running for Python3 unittest
dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

Fast array facility to the Python language (Python 3)

dep: python3-numpy (>= 1:1.22.0) [не hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64, x32]

dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0) [sh4]
dep: python3-numpy-abi9

виртуальный пакет, предоставляемый python3-numpy
dep: python3-pandas [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

data structures for "relational" or "labeled" data
dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~) [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-scipy [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

scientific tools for Python 3
dep: python3-yaml [не hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

YAML parser and emitter for Python3

sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)

Загрузка python3-pairtools

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.0.3-1	207,9 Кб	1 177,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.0.3-1	226,4 Кб	1 021,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.0.3-1	202,3 Кб	1 043,0 Кб	[список файлов]
armel	1.0.3-1	199,0 Кб	903,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.0.3-1	203,9 Кб	763,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	0.3.0-3.2+b2	144,6 Кб	640,0 Кб	[список файлов]
i386	1.0.3-1	226,5 Кб	1 007,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	0.3.0-3.2+b1	137,3 Кб	612,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.0.3-1	202,5 Кб	923,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.0.3-1	194,3 Кб	1 191,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.3.0-3.2+b2	146,6 Кб	752,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.0.3-1	217,0 Кб	1 171,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.0.3-1	221,6 Кб	871,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.0.3-1+b1	309,0 Кб	1 152,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	0.3.0-3.2+b2	125,9 Кб	2 292,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	0.3.0-3.2+b1	121,6 Кб	405,0 Кб	[список файлов]