Paquet : prime-phylo (1.0.11-11 et autres)

Liens pour prime-phylo

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source prime-phylo :

Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [prime.sbc.su.se]

Paquets similaires :

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Autres paquets associés à prime-phylo

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libblas3

implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

ou libblas.so.3

paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

interface C++ à l’interface de passage de message (Message Passing Interface –⋅MPI)
dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0) [non x32]

interface C++ à l’interface de passage de message (Message Passing Interface –⋅MPI)
dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

bibliothèque de sérialisation pour C++
dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [non x32]

bibliothèque de sérialisation pour C++
dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4, x32]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [x32]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, s390x, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: liblapack3

bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

ou liblapack.so.3

paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libopenmpi3 (>= 4.1.6) [alpha]

high performance message passing library -- shared library
dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [non alpha]

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non alpha]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 13.2.0-9) [alpha]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: libxml2 (>= 2.7.4)

Bibliothèque XML GNOME
dep: perl

langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

sug: mafft

programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés
sug: mrbayes

Bayesian Inference of Phylogeny
sug: muscle

programme d'alignements multiples de séquences de protéine
sug: njplot

programme de dessin d’arbre phylogénétique
sug: phyml

estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale
sug: probalign

alignement de séquences multiples en utilisant les probabilités à postériori de la fonction de partition
sug: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
sug: raxml

ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques
sug: treeviewx

affiche et imprime les arbres phylogénétiques

Télécharger prime-phylo

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.0.11-10+b1	751,7 ko	3 724,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.0.11-11	825,5 ko	3 220,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.0.11-11	734,7 ko	3 379,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.0.11-11	695,0 ko	2 648,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.0.11-11	707,0 ko	2 092,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.0.11-11	818,0 ko	3 309,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.0.11-11	884,5 ko	3 176,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.0.11-11	892,6 ko	5 266,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.0.11-11	789,0 ko	2 992,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.0.11-11	691,4 ko	3 788,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.0.11-11	817,3 ko	4 212,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.0.11-11	820,6 ko	3 891,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.0.11-11	809,1 ko	2 623,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.0.11-11	798,7 ko	3 247,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.0.11-11	908,2 ko	3 255,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.0.11-11	671,9 ko	13 517,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.0.11-11	832,6 ko	2 940,0 ko	[liste des fichiers]