Paketti: prime-phylo (1.0.11-14 ja muut)

Links for prime-phylo

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti prime-phylo:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Kotisivu [prime.sbc.su.se]

Samankaltaisia paketteja:

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Muut pakettiin prime-phylo liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libblas3

Basic Linear Algebra Reference implementations, shared library

tai libblas.so.3

näennäispaketti, jonka toteuttaa libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)
dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0) [ei x32]

C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)
dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]

serialization library for C++
dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0) [ei x32]

serialization library for C++
dep: libc6 (>= 2.34) [hppa, m68k]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [ei alpha, hppa, ia64, loong64, m68k, sh4]

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 15.2.0-4) [loong64]

GCC:n apukirjasto

dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, ppc64el, s390x, x32]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC:n apukirjasto
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC:n apukirjasto
dep: liblapack3

Library of linear algebra routines 3 - shared version

tai liblapack.so.3

näennäispaketti, jonka toteuttaa libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

high performance message passing library -- shared library
dep: libopenmpi40 (>= 5.0.8) [ei hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4]

GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

dep: libstdc++6 (>= 14) [ei alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]

dep: libstdc++6 (>= 15.2.0-4) [alpha]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: libxml2 (>= 2.7.4) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

XML-kirjasto Gnomelle
dep: libxml2-16 (>= 2.14.1) [ei hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

XML-kirjasto Gnomelle
dep: perl

Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

sug: mafft

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
sug: mrbayes

Bayesian Inference of Phylogeny
sug: muscle

Multiple alignment program of protein sequences
sug: njplot

phylogenetic tree drawing program
sug: phyml

Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
sug: probalign

multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities
sug: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
sug: raxml

Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
sug: treeviewx

Displays and prints phylogenetic trees

Imuroi prime-phylo

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.0.11-14	735.8 kt	3,598.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.0.11-14	814.1 kt	3,116.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.0.11-14	700.0 kt	3,255.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	1.0.11-11	818.0 kt	3,309.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.0.11-11	892.6 kt	5,266.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	1.0.11-14	760.2 kt	3,317.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.0.11-11	789.0 kt	2,992.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.0.11-14	702.6 kt	3,639.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	1.0.11-14	793.1 kt	4,024.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.0.11-14	813.4 kt	3,767.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.0.11-14	793.1 kt	2,467.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.0.11-14	775.3 kt	3,095.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.0.11-11	908.2 kt	3,255.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.0.11-14	635.6 kt	13,512.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	1.0.11-12	842.2 kt	2,935.0 kt	[tiedostoluettelo]