Paquet : bwa (0.7.19-1 et autres)

Liens pour bwa

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source bwa :

Responsables :

Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
Charles Plessy (Page QA)
Andreas Tille (Page QA)
Carlos Borroto (Page QA)
Ognyan Kulev (Page QA)
Michael R. Crusoe (Page QA)

Ressources externes :

Page d'accueil [bio-bwa.sourceforge.net]

Paquets similaires :

dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

BWA est un paquet logiciel pour mettre en correspondance des séquences à faible divergence avec un grand génome de référence tel que le génome humain. Il est constitué de trois algorithmes : BWA-backtrack, BWA-SW et BWA-MEM. Le premier algorithme est conçu pour les lectures de séquences Illumina jusqu'à 100 paires de bases, alors que les deux autres sont conçus pour des lectures de séquences allant de 70 à 1 000 paires de bases. BWA-MEM et BWA-SW partagent des fonctionnalités communes telles que la prise en charge des lectures longues et des alignements de découpages (« split alignment »), mais BWA-MEM, plus récent, est généralement recommandé pour les requêtes de haute qualité, car il est plus rapide et plus précis. BWA-MEM a également de meilleures performances que BWA-backtrack pour les lectures Illumina de 70 à 100 paires de bases.

Étiquettes: Biologie: Protéines, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Interface utilisateur: Ligne de commande, interface::text-mode, role::program, But: Analyse, Comparaison

Autres paquets associés à bwa

dépendances

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enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

Bibliothèque de compression - binaires

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

rec: perl

langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

sug: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Télécharger bwa

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.7.19-1	212,2 ko	514,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.7.19-1	207,6 ko	461,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.7.19-1	194,0 ko	449,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.7.19-1	194,8 ko	448,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.7.19-1	194,3 ko	384,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.7.19-1	227,5 ko	513,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.7.19-1	231,1 ko	520,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.7.17-7+b4	280,4 ko	925,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	0.7.19-1	214,8 ko	513,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.7.19-1	205,5 ko	472,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.7.19-1	207,5 ko	528,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.7.19-1	220,3 ko	577,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.7.19-1	230,5 ko	577,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.7.19-1	214,9 ko	377,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.7.19-1	222,8 ko	513,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.7.19-1	276,6 ko	449,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.7.19-1	185,9 ko	1 093,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.7.19-1	217,9 ko	476,0 ko	[liste des fichiers]