Paquet : stacks (2.68+dfsg-2 et autres)

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Paquets similaires :

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Autres paquets associés à stacks

dépendances

recommandations

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enhances

dep: bsdextrautils

utilitaires supplémentaires de 4.4BSD-Lite
dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libdbi-perl

interface base de données en Perl (DBI)
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, s390x, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 14) [non ia64, m68k]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

module to create Excel spreadsheets
rec: littler

interface en ligne de commande et script GNU R – paquet de transition
un paquet virtuel est également fourni par r-cran-littler

sug: gdb

débogueur GNU
un paquet virtuel est également fourni par gdb-minimal

Télécharger stacks

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.68+dfsg-2	1 112,6 ko	6 814,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.68+dfsg-2	1 231,5 ko	6 161,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.68+dfsg-2	1 057,3 ko	5 829,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2.68+dfsg-2	1 024,3 ko	5 681,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2.68+dfsg-2	1 046,8 ko	4 081,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.68+dfsg-2	1 082,4 ko	5 478,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.68+dfsg-2	1 301,0 ko	6 437,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.66+dfsg-1+b1	1 286,9 ko	11 193,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	2.68+dfsg-2	1 085,4 ko	5 893,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.68+dfsg-2	1 104,3 ko	5 753,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.68+dfsg-2	1 123,1 ko	7 726,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.68+dfsg-2	1 151,5 ko	7 749,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.68+dfsg-2	1 170,8 ko	7 109,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.68+dfsg-2	1 148,9 ko	4 409,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.68+dfsg-2	1 157,7 ko	6 289,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.68+dfsg-2	1 348,7 ko	5 689,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.68+dfsg-2	984,4 ko	12 602,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.68+dfsg-2	1 236,8 ko	5 813,0 ko	[liste des fichiers]