套件：stacks（2.66+dfsg-1 以及其他的）

stacks 的相關連結

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主頁 [creskolab.uoregon.edu]

相似套件：

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

其他與 stacks 有關的套件

依賴

推薦

建議

增強

dep: bsdextrautils

extra utilities from 4.4BSD-Lite
dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, ia64, sh4]

GNU C 函式庫：共用函式庫
同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C 函式庫：共用函式庫
同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libdbi-perl

Perl Database Interface (DBI)
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, s390x, x32]

GCC 支援函式庫

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC 支援函式庫
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC 支援函式庫
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP (GOMP) support library
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU Standard C++ Library v3
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

壓縮函式庫 - 跑程式時用(runtime)

rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

module to create Excel spreadsheets
rec: littler

GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： r-cran-littler

sug: gdb

GNU Debugger
同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： gdb-minimal

下載 stacks

下載可用於所有硬體架構的
硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	2.66+dfsg-1+b1	1，065。5 kB	6，519。0 kB	[檔案列表]
amd64	2.66+dfsg-1+b1	1，154。6 kB	5，807。0 kB	[檔案列表]
arm64	2.66+dfsg-1+b1	1，004。8 kB	5，725。0 kB	[檔案列表]
armel	2.66+dfsg-1+b1	979。6 kB	5，148。0 kB	[檔案列表]
armhf	2.66+dfsg-1+b1	1，000。0 kB	3，632。0 kB	[檔案列表]
hppa （非官方移植版）	2.66+dfsg-1+b1	1，046。7 kB	5，345。0 kB	[檔案列表]
i386	2.66+dfsg-1+b1	1，233。2 kB	6，100。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	2.66+dfsg-1+b1	1，286。9 kB	11，193。0 kB	[檔案列表]
m68k （非官方移植版）	2.66+dfsg-1+b1	1，087。6 kB	5，632。0 kB	[檔案列表]
mips64el	2.66+dfsg-1+b1	1，062。3 kB	7，443。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	2.66+dfsg-1+b1	1，112。8 kB	7，455。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	2.66+dfsg-1+b1	1，123。6 kB	7，005。0 kB	[檔案列表]
riscv64	2.66+dfsg-1+b1	1，103。0 kB	4，329。0 kB	[檔案列表]
s390x	2.66+dfsg-1+b1	1，104。7 kB	6，049。0 kB	[檔案列表]
sh4 （非官方移植版）	2.66+dfsg-1+b1	1，278。3 kB	5，648。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	2.66+dfsg-1+b1	918。0 kB	11，538。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	2.66+dfsg-1+b1	1，158。9 kB	5，473。0 kB	[檔案列表]