[ Zdroj: stacks ]
Balík: stacks (2.68+dfsg-2 a iné)
Odkazy pre stacks
Zdroje Debian:
Stiahnuť zdrojový balík stacks:
Správcovia:
Externé zdroje:
- Domovská stránka [creskolab.uoregon.edu]
Podobné balíky:
pipeline for building loci from short-read DNA sequences
Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.
Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>
Ostatné balíky súvisiace s balíkom stacks
|
|
|
|
-
- dep: bsdextrautils
- extra utilities from 4.4BSD-Lite
-
- dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, loong64, sh4]
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
-
- dep: libdbi-perl
- rozhranie k databáze Perl (DBI)
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, s390x, x32]
- podporná knižnica GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- podporná knižnica GCC
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- podporná knižnica GCC
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]
- štandardná knižnica C++ GNU v3
- dep: libstdc++6 (>= 14) [nie ia64, m68k]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- komprimačná knižnica - dynamická verzia
-
- rec: libspreadsheet-writeexcel-perl
- modul na tvorbu zošitov Excel
-
- rec: littler
- GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom r-cran-littler
-
- sug: gdb
- GNU Debugger
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom gdb-minimal
Stiahnuť stacks
| Architektúra | Verzia | Veľkosť balíka | Nainštalovaná veľkosť | Súbory |
|---|---|---|---|---|
| alpha (neoficiálny port) | 2.68+dfsg-2 | 1,112.6 kB | 6,814.0 kB | [zoznam súborov] |
| amd64 | 2.68+dfsg-2 | 1,231.5 kB | 6,161.0 kB | [zoznam súborov] |
| arm64 | 2.68+dfsg-2 | 1,057.3 kB | 5,829.0 kB | [zoznam súborov] |
| armel | 2.68+dfsg-2 | 1,024.3 kB | 5,681.0 kB | [zoznam súborov] |
| armhf | 2.68+dfsg-2 | 1,046.8 kB | 4,081.0 kB | [zoznam súborov] |
| hppa (neoficiálny port) | 2.68+dfsg-2 | 1,082.4 kB | 5,478.0 kB | [zoznam súborov] |
| i386 | 2.68+dfsg-2 | 1,301.0 kB | 6,437.0 kB | [zoznam súborov] |
| ia64 (neoficiálny port) | 2.66+dfsg-1+b1 | 1,286.9 kB | 11,193.0 kB | [zoznam súborov] |
| loong64 (neoficiálny port) | 2.68+dfsg-2 | 1,085.4 kB | 5,893.0 kB | [zoznam súborov] |
| m68k (neoficiálny port) | 2.68+dfsg-2 | 1,104.3 kB | 5,753.0 kB | [zoznam súborov] |
| mips64el | 2.68+dfsg-2 | 1,123.1 kB | 7,726.0 kB | [zoznam súborov] |
| ppc64 (neoficiálny port) | 2.68+dfsg-2 | 1,151.5 kB | 7,749.0 kB | [zoznam súborov] |
| ppc64el | 2.68+dfsg-2 | 1,170.8 kB | 7,109.0 kB | [zoznam súborov] |
| riscv64 | 2.68+dfsg-2 | 1,148.9 kB | 4,409.0 kB | [zoznam súborov] |
| s390x | 2.68+dfsg-2 | 1,157.7 kB | 6,289.0 kB | [zoznam súborov] |
| sh4 (neoficiálny port) | 2.68+dfsg-2 | 1,348.7 kB | 5,689.0 kB | [zoznam súborov] |
| sparc64 (neoficiálny port) | 2.68+dfsg-2 | 984.4 kB | 12,602.0 kB | [zoznam súborov] |
| x32 (neoficiálny port) | 2.68+dfsg-2 | 1,236.8 kB | 5,813.0 kB | [zoznam súborov] |