Pakiet: stacks (2.68+dfsg-2 i inne)

Odnośniki dla stacks

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego stacks:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [creskolab.uoregon.edu]

Podobne pakiety:

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Inne pakiety związane z stacks

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: bsdextrautils

Dodatkowe narzędzia z 4.4BSD-Lite
dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, loong64, sh4]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libdbi-perl

Interfejs bazodanowy Perl (DBI)
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, s390x, x32]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

dep: libstdc++6 (>= 14) [nie ia64, m68k]
dep: libunwind8 [ia64]

Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
dep: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

module to create Excel spreadsheets
rec: littler

GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
również pakiet wirtualny udostępniany przez r-cran-littler

sug: gdb

GNU Debugger
również pakiet wirtualny udostępniany przez gdb-minimal

Pobieranie stacks

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-2	1 112,6 KiB	6 814,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.68+dfsg-2	1 231,5 KiB	6 161,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.68+dfsg-2	1 057,3 KiB	5 829,0 KiB	[lista plików]
armel	2.68+dfsg-2	1 024,3 KiB	5 681,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.68+dfsg-2	1 046,8 KiB	4 081,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-2	1 082,4 KiB	5 478,0 KiB	[lista plików]
i386	2.68+dfsg-2	1 301,0 KiB	6 437,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.66+dfsg-1+b1	1 286,9 KiB	11 193,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-2	1 085,4 KiB	5 893,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-2	1 104,3 KiB	5 753,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.68+dfsg-2	1 123,1 KiB	7 726,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-2	1 151,5 KiB	7 749,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.68+dfsg-2	1 170,8 KiB	7 109,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.68+dfsg-2	1 148,9 KiB	4 409,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.68+dfsg-2	1 157,7 KiB	6 289,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-2	1 348,7 KiB	5 689,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-2	984,4 KiB	12 602,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.68+dfsg-2	1 236,8 KiB	5 813,0 KiB	[lista plików]