Paquet : stacks (2.66+dfsg-1 et autres)

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Paquets similaires :

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Autres paquets associés à stacks

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: bsdextrautils

utilitaires supplémentaires de 4.4BSD-Lite
dep: libc6 (>= 2.34)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libdbi-perl

interface base de données en Perl (DBI)
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, ppc64el]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

module to create Excel spreadsheets
rec: littler

interface en ligne de commande et script GNU R – paquet de transition
un paquet virtuel est également fourni par r-cran-littler

sug: gdb

débogueur GNU
un paquet virtuel est également fourni par gdb-minimal

Télécharger stacks

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2.66+dfsg-1+b1	1 154,6 ko	5 807,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.66+dfsg-1+b1	1 004,8 ko	5 725,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2.66+dfsg-1+b1	979,6 ko	5 148,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2.66+dfsg-1+b1	1 000,0 ko	3 632,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.66+dfsg-1+b1	1 233,2 ko	6 100,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.66+dfsg-1+b1	1 062,3 ko	7 443,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.66+dfsg-1+b1	1 123,6 ko	7 005,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.66+dfsg-1+b1	1 104,7 ko	6 049,0 ko	[liste des fichiers]