Пакет: stacks (2.66+dfsg-1 и други)

Връзки за stacks

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник stacks.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [creskolab.uoregon.edu]

Подобни пакети:

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Други пакети, свързани с stacks

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: bsdextrautils

extra utilities from 4.4BSD-Lite
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb
dep: libdbi-perl

Perl Database Interface (DBI)
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, ppc64el]

GCC support library

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP (GOMP) support library
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU Standard C++ Library v3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

compression library - runtime

rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

module to create Excel spreadsheets
rec: littler

GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
също и виртуален пакет, предлаган от r-cran-littler

sug: gdb

GNU Debugger
също и виртуален пакет, предлаган от gdb-minimal

Изтегляне на stacks

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	2.66+dfsg-1+b1	1 154,6 кБ	5 807,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2.66+dfsg-1+b1	1 004,8 кБ	5 725,0 кБ	[списък на файловете]
armel	2.66+dfsg-1+b1	979,6 кБ	5 148,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	2.66+dfsg-1+b1	1 000,0 кБ	3 632,0 кБ	[списък на файловете]
i386	2.66+dfsg-1+b1	1 233,2 кБ	6 100,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2.66+dfsg-1+b1	1 062,3 кБ	7 443,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2.66+dfsg-1+b1	1 123,6 кБ	7 005,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2.66+dfsg-1+b1	1 104,7 кБ	6 049,0 кБ	[списък на файловете]