Paquet : sourmash (4.9.4-3 et autres)

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Paquets similaires :

tools for comparing DNA sequences with MinHash sketches

Compute MinHash signatures for nucleotide (DNA/RNA) and protein sequences.

MinHash sketches provide a lightweight way to store “signatures” of large DNA or RNA sequence collections, and then compare or search them using a Jaccard index. MinHash sketches can be used to identify samples, find similar samples, identify data sets with shared sequences, and build phylogenetic trees (Ondov et al. 2015).

sourmash provides a command line script, a Python library, and a CPython module for MinHash sketches.

These tools provide functionality previously handled by the 'khmer' package.

Autres paquets associés à sourmash

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [non loong64, ppc64el]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.39) [ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

librairie de compression au format XZ
dep: librocksdb9.10 (>= 9.10.0)

persistent Key-Value Store for Flash and RAM Storage
dep: libzstd1 (>= 1.5.5)

algorithme de compression rapide sans perte
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

dep: python3 (>= 3~)
dep: python3-bitstring

Python module for manipulation of binary data (Python 3)
dep: python3-cachetools

extensible memoizing collections and decorators for Python 3
dep: python3-cffi-backend-api-max (>= 9729)

Paquet indisponible
dep: python3-cffi-backend-api-min (<= 9729)

Paquet indisponible
dep: python3-deprecation

Library to handle automated deprecations
dep: python3-matplotlib

système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab
dep: python3-numpy

bibliothèque de Python pour des calculs numériques – Python 3
dep: python3-scipy

outils scientifiques pour Python 3
dep: python3-screed

short nucleotide read sequence utils in Python 3

Télécharger sourmash

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	4.9.4-3	825,9 ko	2 824,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	4.9.4-3	747,2 ko	2 684,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	4.9.4-2	753,9 ko	2 876,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	4.9.4-3	801,0 ko	3 409,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	4.9.4-3	822,1 ko	3 132,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	4.9.4-3	804,1 ko	2 589,0 ko	[liste des fichiers]