Paquet : ampliconnoise (1.29-16 et autres)

Liens pour ampliconnoise

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Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [github.com]

Paquets similaires :

suppression du bruit pour les amplicons PCR séquencés 454

AmpliconNoise est un ensemble d'applications pour nettoyer les données de séquences haute fréquence. Il est constitué de trois parties principales :

 - Pyronnoise : rassemble les mauvais points en se basant sur un
    diagramme de flux ;
 - SeqNoise : enlève les mutations de point PCR ;
 - Perseus : enlève les chimères PCR sans avoir besoin d'un ensemble de
    séquences de références.

Étiquettes: Rôle: Programme

Autres paquets associés à ampliconnoise

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

GNU Scientific Library (GSL) -- library package
dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [non ia64]

GNU Scientific Library (GSL) -- library package
dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

Shared libraries for MPICH

dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]
dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

high performance message passing library -- shared library
dep: libopenmpi40 (>= 5.0.8) [non armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

high performance message passing library -- shared library
dep: mafft

programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

rec: mpi-default-bin [non ia64]

Standard MPI runtime programs (metapackage)
rec: openmpi-bin [ia64]

high performance message passing library -- binaries

Télécharger ampliconnoise

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.29-16	1 077,3 ko	2 527,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.29-16	1 085,6 ko	2 055,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.29-16	1 075,0 ko	2 399,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.29-16	1 064,1 ko	2 386,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.29-16	1 058,9 ko	2 386,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.29-16	1 065,1 ko	1 930,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.29-16	1 081,8 ko	2 054,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.29-11	1 096,8 ko	2 314,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	1.29-16	1 081,8 ko	2 527,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.29-16	1 054,2 ko	1 930,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.29-16	1 072,7 ko	2 421,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.29-16	1 087,2 ko	2 591,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.29-16	1 097,3 ko	2 591,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.29-16	1 079,1 ko	1 907,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.29-16	1 096,0 ko	2 099,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.29-16	1 084,4 ko	2 386,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.29-16	1 066,1 ko	14 890,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.29-16	1 078,5 ko	2 010,0 ko	[liste des fichiers]