Paketti: ampliconnoise (1.29-16 ja muut)

Links for ampliconnoise

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti ampliconnoise:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Kotisivu [github.com]

Samankaltaisia paketteja:

removal of noise from 454 sequenced PCR amplicons

AmpliconNoise is a package of applications to clean up high-throughput sequence data. It consists of three main parts:

Pyronoise - does flowgram-based clustering to spot misreads SeqNoise - removes PCR point mutations Perseus - removes PCR chimeras without the need for a set of reference sequences

Previously there was a standalone "Pyronoise" by the same authors and this package includes an updated version. There is also a "Denoiser" in Qiime which is related but distinct.

Tagit: Role: Program

Muut pakettiin ampliconnoise liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.38) [ei alpha, ia64, loong64, sh4]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

GNU Scientific Library (GSL) -- library package
dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [ei ia64]

GNU Scientific Library (GSL) -- library package
dep: libmpich12 [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

Shared libraries for MPICH

dep: libmpich12 (>= 4.2.0) [x32]
dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6) [ia64]

high performance message passing library -- shared library
dep: libopenmpi40 (>= 5.0.8) [ei armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, sh4, x32]

high performance message passing library -- shared library
dep: mafft

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

rec: mpi-default-bin [ei ia64]

Standard MPI runtime programs (metapackage)
rec: openmpi-bin [ia64]

high performance message passing library -- binaries

Imuroi ampliconnoise

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.29-16	1,077.3 kt	2,527.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.29-16	1,085.6 kt	2,055.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.29-16	1,075.0 kt	2,399.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	1.29-16	1,064.1 kt	2,386.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	1.29-16	1,058.9 kt	2,386.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	1.29-16	1,065.1 kt	1,930.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1.29-16	1,081.8 kt	2,054.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.29-11	1,096.8 kt	2,314.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	1.29-16	1,081.8 kt	2,527.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	1.29-16	1,054.2 kt	1,930.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.29-16	1,072.7 kt	2,421.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	1.29-16	1,087.2 kt	2,591.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.29-16	1,097.3 kt	2,591.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.29-16	1,079.1 kt	1,907.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.29-16	1,096.0 kt	2,099.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	1.29-16	1,084.4 kt	2,386.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.29-16	1,066.1 kt	14,890.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	1.29-16	1,078.5 kt	2,010.0 kt	[tiedostoluettelo]