Paketti: canu (2.0+dfsg-2 ja muut)

Links for canu

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti canu:

Ylläpitäjä:

Debian Med Packaging Team (Laadunvalvontasivu, Mail Archive)

External Resources:

Kotisivu [canu.readthedocs.org]

Samankaltaisia paketteja:

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Muut pakettiin canu liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: gnuplot

Command-line driven interactive plotting program.
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
dep: libfilesys-df-perl

Module to obtain filesystem disk space information
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei armel, armhf, i386, mipsel]

GCC:n apukirjasto

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP (GOMP) support library
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3
dep: mhap

locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps
dep: perl

Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

sug: nanopolish

consensus caller for nanopore sequencing data
sug: pbgenomicconsensus

Paketti ei saatavilla

Imuroi canu

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	2.0+dfsg-2+b1	1,182.4 kt	8,799.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.0+dfsg-2+b1	1,077.8 kt	9,886.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	2.0+dfsg-2+b1	1,027.4 kt	9,663.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	2.0+dfsg-2+b1	1,041.9 kt	7,955.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	2.0+dfsg-2+b1	1,317.8 kt	10,030.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.0+dfsg-2+b1	1,297.2 kt	12,589.0 kt	[tiedostoluettelo]
mipsel	2.0+dfsg-2+b1	1,351.8 kt	12,568.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.0+dfsg-2+b1	1,204.7 kt	12,855.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	2.0+dfsg-2+b1	1,073.5 kt	8,954.0 kt	[tiedostoluettelo]