Paketti: canu (2.2+dfsg-5 ja muut)

Links for canu

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti canu:

Ylläpitäjä:

Debian Med Packaging Team (Laadunvalvontasivu, Mail Archive)

External Resources:

Kotisivu [canu.readthedocs.org]

Samankaltaisia paketteja:

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Muut pakettiin canu liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: gnuplot [alpha, m68k, sh4]

Command-line driven interactive plotting program.
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
dep: gnuplot-nox [ei alpha, m68k, sh4]

Command-line driven interactive plotting program. No-X package
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa gnuplot-qt, gnuplot-x11

tai gnuplot

Command-line driven interactive plotting program.
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.32) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, arm64, ia64, loong64, m68k, sh4]

dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libfilesys-df-perl

Module to obtain filesystem disk space information
dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

GCC:n apukirjasto

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ei alpha, m68k, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC:n apukirjasto
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP (GOMP) support library
dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10) [ei alpha, arm64, m68k, sh4, sparc64]

fast compression/decompression library

dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.8) [sparc64]

dep: libsnappy1v5 (>= 1.2.1) [arm64]
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: mhap

locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps
dep: perl

Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

sug: nanopolish

consensus caller for nanopore sequencing data
sug: pbgenomicconsensus [alpha, m68k, sh4]

Paketti ei saatavilla

Imuroi canu

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	2.0+dfsg-2	1,228.8 kt	10,538.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	2.2+dfsg-5	1,379.8 kt	13,027.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.2+dfsg-5+b1	1,293.4 kt	13,910.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	2.2+dfsg-5	1,553.6 kt	23,779.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	2.2+dfsg-5	1,762.5 kt	18,271.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	2.0+dfsg-2	1,280.7 kt	9,544.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.2+dfsg-5	1,566.0 kt	17,652.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	2.2+dfsg-5	1,419.2 kt	17,724.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.2+dfsg-5	1,410.8 kt	16,873.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	2.2+dfsg-5+b1	1,862.0 kt	15,534.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	2.2+dfsg-5	1,340.9 kt	13,853.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	2.0+dfsg-2	1,230.0 kt	8,637.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	2.2+dfsg-5	1,507.0 kt	50,253.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	2.2+dfsg-5	1,386.5 kt	12,548.0 kt	[tiedostoluettelo]