Paket: canu (2.0+dfsg-2 och andra)

Länkar för canu

Debianresurser:

Hämta källkodspaketet canu:

Ansvarig:

Debian Med Packaging Team (QA-sida, E-postarkiv)

Externa resurser:

Hemsida [canu.readthedocs.org]

Liknande paket:

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Andra paket besläktade med canu

beror

rekommenderar

föreslår

enhances

dep: gnuplot

Command-line driven interactive plotting program.
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb
dep: libfilesys-df-perl

Module to obtain filesystem disk space information
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ej armel, armhf, i386, mipsel]

GCC stödbibliotek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP (GOMP) support library
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU standardbibliotek v3 för C++
dep: mhap

locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

sug: nanopolish

consensus caller for nanopore sequencing data
sug: pbgenomicconsensus

Paketet inte tillgängligt

Hämta canu

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	2.0+dfsg-2+b1	1.182,4 kbyte	8.799,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	2.0+dfsg-2+b1	1.077,8 kbyte	9.886,0 kbyte	[filförteckning]
armel	2.0+dfsg-2+b1	1.027,4 kbyte	9.663,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	2.0+dfsg-2+b1	1.041,9 kbyte	7.955,0 kbyte	[filförteckning]
i386	2.0+dfsg-2+b1	1.317,8 kbyte	10.030,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	2.0+dfsg-2+b1	1.297,2 kbyte	12.589,0 kbyte	[filförteckning]
mipsel	2.0+dfsg-2+b1	1.351,8 kbyte	12.568,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	2.0+dfsg-2+b1	1.204,7 kbyte	12.855,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	2.0+dfsg-2+b1	1.073,5 kbyte	8.954,0 kbyte	[filförteckning]