Paket: flye (2.9.6+dfsg-1 und andere)

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Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [github.com]

de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs

Flye is a de novo assembler for single molecule sequencing reads, such as those produced by PacBio and Oxford Nanopore Technologies. It is designed for a wide range of datasets, from small bacterial projects to large mammalian-scale assemblies. The package represents a complete pipeline: it takes raw PacBio / ONT reads as input and outputs polished contigs. Flye also has a special mode for metagenome assembly.

Andere Pakete mit Bezug zu flye

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.38) [nicht alpha, ia64, loong64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht alpha, ia64, riscv64]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

dep: libstdc++6 (>= 14) [nicht ia64]
dep: libunwind8 [ia64]

Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit
dep: minimap2

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-six

Python 2 and 3 compatibility library
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

flye herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	2.9.6+dfsg-1	22.611,2 kB	37.054,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	2.9.6+dfsg-1	22.656,0 kB	36.932,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.9.6+dfsg-1	22.576,1 kB	36.731,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.9.3+dfsg2-1	22.763,6 kB	38.428,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	2.9.6+dfsg-1	22.603,3 kB	36.795,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.9.6+dfsg-1	22.580,3 kB	37.035,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	2.9.6+dfsg-1	22.637,7 kB	37.179,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.9.6+dfsg-1	22.648,5 kB	37.115,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.9.6+dfsg-1	22.634,8 kB	36.479,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	2.9.6+dfsg-1	22.685,6 kB	37.087,0 kB	[Liste der Dateien]