[ Quellcode: sourmash ]
Paket: sourmash (4.9.4-3)
Links für sourmash
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket sourmash herunterladen:
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Michael R. Crusoe (QS-Seite)
- Debian Rust Maintainers (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [github.com]
Ähnliche Pakete:
tools for comparing DNA sequences with MinHash sketches
Compute MinHash signatures for nucleotide (DNA/RNA) and protein sequences.
MinHash sketches provide a lightweight way to store “signatures” of large DNA or RNA sequence collections, and then compare or search them using a Jaccard index. MinHash sketches can be used to identify samples, find similar samples, identify data sets with shared sequences, and build phylogenetic trees (Ondov et al. 2015).
sourmash provides a command line script, a Python library, and a CPython module for MinHash sketches.
These tools provide functionality previously handled by the 'khmer' package.
Andere Pakete mit Bezug zu sourmash
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- dep: libc6 (>= 2.34) [nicht ppc64el]
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.39) [ppc64el]
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- dep: libgcc-s1 (>= 4.2)
- GCC Support-Bibliothek
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- dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)
- Bibliothek für das XZ-Kompressionsformat
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- dep: librocksdb9.10 (>= 9.10.0)
- persistent Key-Value Store for Flash and RAM Storage
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- dep: libzstd1 (>= 1.5.5)
- Schneller verlustfreier Komprimierungsalgorithmus
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
- dep: python3 (>= 3~)
-
- dep: python3-bitstring
- Python module for manipulation of binary data (Python 3)
-
- dep: python3-cachetools
- Erweiterbare, speichernde Collections und Dekorierer für Python 3
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- dep: python3-cffi-backend-api-max (>= 9729)
- Paket nicht verfügbar
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- dep: python3-cffi-backend-api-min (<= 9729)
- Paket nicht verfügbar
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- dep: python3-deprecation
- Library to handle automated deprecations
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- dep: python3-matplotlib
- Python-System ähnlich Matlab zur Ausgabe von Zeichnungen
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- dep: python3-numpy
- Python library for numerical computations (Python 3)
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- dep: python3-scipy
- Wissenschaftliche Werkzeuge für Python 3
-
- dep: python3-screed
- short nucleotide read sequence utils in Python 3
sourmash herunterladen
| Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|
| amd64 | 825,9 kB | 2.824,0 kB | [Liste der Dateien] |
| arm64 | 747,2 kB | 2.684,0 kB | [Liste der Dateien] |
| ppc64el | 822,1 kB | 3.132,0 kB | [Liste der Dateien] |
| riscv64 | 804,1 kB | 2.589,0 kB | [Liste der Dateien] |