Paket: iva (1.0.9+ds-11)

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Betreuer:

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Jorge Soares (QS-Seite)
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Externe Ressourcen:

Homepage [github.com]

iterative virus sequence assembler

IVA is a de novo assembler designed to assemble virus genomes that have no repeat sequences, using Illumina read pairs sequenced from mixed populations at extremely high depth.

IVA's main algorithm works by iteratively extending contigs using aligned read pairs. Its input can be just read pairs, or additionally you can provide an existing set of contigs to be extended. Alternatively, it can take reads together with a reference sequence.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, works-with::biological-sequence, Arbeitet mit: Dateien

Andere Pakete mit Bezug zu iva

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: default-jre-headless

Standard-Java- oder Java-kompatible Laufzeitumgebung (»headless«)
dep: fastaq (>= 1.6)

FASTA and FASTQ file manipulation tools
dep: kmc

count kmers in genomic sequences
dep: mummer

Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
dep: python3

Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)
dep: python3-networkx

Werkzeug zum Erstellen, Manipulieren und Studieren komplexer Netzwerke (Python 3)
dep: python3-numpy

Schnelle Array-Einrichtung für die Sprache Python 3
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: smalt

Sequence Mapping and Alignment Tool

rec: bioperl

Perl-Werkzeuge für bioinformatische Anwendungen
rec: r-base-core

GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern
rec: trimmomatic

flexible read trimming tool for Illumina NGS data

iva herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	8.377,6 kB	8.765,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	8.377,6 kB	8.765,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	8.377,6 kB	8.765,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	8.377,6 kB	8.765,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	8.377,6 kB	8.765,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	8.377,6 kB	8.765,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	8.377,6 kB	8.765,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	8.377,6 kB	8.765,0 kB	[Liste der Dateien]