Paket: iva (1.0.11+ds-6 und andere)

Links für iva

Debian-Ressourcen:

Quellcode-Paket iva herunterladen:

Betreuer:

Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
Andreas Tille (QS-Seite)
Jorge Soares (QS-Seite)
Sascha Steinbiss (QS-Seite)

Externe Ressourcen:

Homepage [github.com]

iterative virus sequence assembler

IVA is a de novo assembler designed to assemble virus genomes that have no repeat sequences, using Illumina read pairs sequenced from mixed populations at extremely high depth.

IVA's main algorithm works by iteratively extending contigs using aligned read pairs. Its input can be just read pairs, or additionally you can provide an existing set of contigs to be extended. Alternatively, it can take reads together with a reference sequence.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, works-with::biological-sequence, Arbeitet mit: Dateien

Andere Pakete mit Bezug zu iva

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: default-jre-headless

Standard Java or Java compatible Runtime (headless)
dep: fastaq

FASTA and FASTQ file manipulation tools
dep: kmc

count kmers in genomic sequences
dep: mummer

Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-networkx

Werkzeug zum Erstellen, Manipulieren und Studieren komplexer Netzwerke (Python 3)
dep: python3-numpy

Python library for numerical computations (Python 3)
dep: python3-packaging

Kern-Dienstprogramme für Python3-Pakete
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: smalt

Sequence Mapping and Alignment Tool

rec: bioperl

Perl-Werkzeuge für bioinformatische Anwendungen
rec: r-base-core

GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern
rec: trimmomatic

flexible read trimming tool for Illumina NGS data

iva herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.0.11+ds-6	8.380,7 kB	8.770,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.0.11+ds-6	8.380,7 kB	8.770,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.0.11+ds-6	8.380,7 kB	8.770,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.0.11+ds-6	8.380,7 kB	8.770,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.0.11+ds-6	8.380,7 kB	8.770,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.0.11+ds-6	8.380,7 kB	8.770,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.0.11+ds-5	8.380,5 kB	8.770,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	1.0.11+ds-6	8.380,7 kB	8.770,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.0.11+ds-6	8.380,6 kB	8.770,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.0.11+ds-6	8.380,7 kB	8.770,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.0.11+ds-6	8.380,7 kB	8.770,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.0.11+ds-6	8.380,7 kB	8.770,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.0.11+ds-6	8.380,7 kB	8.770,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.0.11+ds-6	8.380,7 kB	8.770,0 kB	[Liste der Dateien]