Pakiet: iva (1.0.9+ds-11)

Odnośniki dla iva

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego iva:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

iterative virus sequence assembler

IVA is a de novo assembler designed to assemble virus genomes that have no repeat sequences, using Illumina read pairs sequenced from mixed populations at extremely high depth.

IVA's main algorithm works by iteratively extending contigs using aligned read pairs. Its input can be just read pairs, or additionally you can provide an existing set of contigs to be extended. Alternatively, it can take reads together with a reference sequence.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, works-with::biological-sequence, Działa z: Pliki

Inne pakiety związane z iva

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: default-jre-headless

Standard Java or Java compatible Runtime (headless)
dep: fastaq (>= 1.6)

Narzędzia do obsługi plików FASTA i FASTQ
dep: kmc

count kmers in genomic sequences
dep: mummer

Efficient sequence alignment of full genomes
dep: perl

praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-networkx

tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python 3 language
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
dep: smalt

Sequence Mapping and Alignment Tool

rec: bioperl

Narzędzia do obliczeniowej biologii molekularnej, oparte na Perlu
rec: r-base-core

GNU R core of statistical computation and graphics system
rec: trimmomatic

flexible read trimming tool for Illumina NGS data

Pobieranie iva

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	8 377,6 KiB	8 765,0 KiB	[lista plików]
arm64	8 377,6 KiB	8 765,0 KiB	[lista plików]
armel	8 377,6 KiB	8 765,0 KiB	[lista plików]
armhf	8 377,6 KiB	8 765,0 KiB	[lista plików]
i386	8 377,6 KiB	8 765,0 KiB	[lista plików]
mips64el	8 377,6 KiB	8 765,0 KiB	[lista plików]
mipsel	8 377,6 KiB	8 765,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	8 377,6 KiB	8 765,0 KiB	[lista plików]