パッケージ: iva (1.0.9+ds-11)

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類似のパッケージ:

反復ウイルス配列アセンブラー

IVA は、極端に深い混合種群から得られた、Illumina リードペアから繰り返し配列を持たないウイルスゲノムをアセンブルするために設計された、新しいアセンブラーです。

IVA のメインアルゴリズムは、反復的にアラインされたリードペアを用いてコンティグを拡張していくことで動作します。入力はリードペアだけでもよいですし、追加で既存のコンティグを与えてそれを拡張させることもできます。また、リードと参照配列を一緒に与えることもできます。

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: role::program, works-with::biological-sequence, 取り扱い対象: ファイル

その他の iva 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: default-jre-headless

標準的な Java または Java 互換のランタイム (ヘッドレス)
dep: fastaq (>= 1.6)

FASTA and FASTQ file manipulation tools
dep: kmc

count kmers in genomic sequences
dep: mummer

遺伝子全体の効率的な配列アライメント
dep: perl

Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
dep: python3

対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
dep: python3-networkx

tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python 3 language
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: smalt

Sequence Mapping and Alignment Tool

rec: bioperl

Perl tools for computational molecular biology
rec: r-base-core

GNU R core of statistical computation and graphics system
rec: trimmomatic

flexible read trimming tool for Illumina NGS data

iva のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[ファイル一覧]
armel	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[ファイル一覧]
i386	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	8,377.6 kB	8,765.0 kB	[ファイル一覧]