[ Source: ragout ]
Package: ragout (2.3-5 and others)
Links for ragout
Debian Resources:
Download Source Package ragout:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Reference-assisteret redskab til ordning af genomrækkefølge
Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) er et værktøj for kromosomniveauopsætning via flere referencer. Givet oprindelig samlingsfragmenter (contigs/scaffolds) og en eller flere relaterede referencer (fuldstændig eller i uddrag) fremstilles en kromosomskalasamling (som et sæt af scaffolds).
Fremgangsmåden er baseret på analyse af genom-omarrangementer (som inversioner eller kromosomale translokationer) mellem inddatagenomer og rekonstruktion af den mest sparsommelige struktur for målgenomet.
Ragout understøtter nu både små og store genomer (i pattedyrskala og -kompleksitet). Samlingen af højt polymorfiske genomer er i øjeblikket begrænset.
Other Packages Related to ragout
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [not arm64]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armhf, i386, riscv64]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not arm64]
- GNU Standard C++ bibliotek v3
- dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
-
- dep: python3-networkx
- Værktøj til at oprette, manipulere og studere komplekse netværk - Python 3
-
- dep: python3-six
- Python 2- og 3-kompatibilitetsbibliotek
-
- rec: sibelia
- Komparativ genomisk værktøj
Download ragout
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.3-5 | 2,072.9 kB | 9,659.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 2.3-5+b2 | 2,068.1 kB | 9,664.0 kB | [list of files] |
| armhf | 2.3-5 | 2,066.9 kB | 9,585.0 kB | [list of files] |
| i386 | 2.3-5 | 2,085.3 kB | 9,673.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 2.3-5 | 2,077.4 kB | 9,791.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 2.3-5 | 2,072.2 kB | 9,607.0 kB | [list of files] |
| s390x | 2.3-5 | 2,075.7 kB | 9,683.0 kB | [list of files] |