Package: ragout (2.3-4)

Links for ragout

Debian Resources:

Download Source Package ragout:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [github.com]

Similar packages:

Reference-assisteret redskab til ordning af genomrækkefølge

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) er et værktøj for kromosomniveauopsætning via flere referencer. Givet oprindelig samlingsfragmenter (contigs/scaffolds) og en eller flere relaterede referencer (fuldstændig eller i uddrag) fremstilles en kromosomskalasamling (som et sæt af scaffolds).

Fremgangsmåden er baseret på analyse af genom-omarrangementer (som inversioner eller kromosomale translokationer) mellem inddatagenomer og rekonstruktion af den mest sparsommelige struktur for målgenomet.

Ragout understøtter nu både små og store genomer (i pattedyrskala og -kompleksitet). Samlingen af højt polymorfiske genomer er i øjeblikket begrænset.

Other Packages Related to ragout

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]

GCC støttebibliotek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU Standard C++ bibliotek v3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-networkx

Værktøj til at oprette, manipulere og studere komplekse netværk - Python 3

rec: sibelia

Komparativ genomisk værktøj

Download ragout

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2,079.3 kB	9,683.0 kB	[list of files]
arm64	2,069.5 kB	9,695.0 kB	[list of files]
armel	2,069.2 kB	9,693.0 kB	[list of files]
armhf	2,071.5 kB	9,693.0 kB	[list of files]
i386	2,089.6 kB	9,701.0 kB	[list of files]
mips64el	2,078.9 kB	9,833.0 kB	[list of files]
mipsel	2,082.0 kB	9,830.0 kB	[list of files]
ppc64el	2,083.7 kB	9,823.0 kB	[list of files]
s390x	2,071.7 kB	9,691.0 kB	[list of files]