Package: ragout (2.3-2 and others)

Links for ragout

Debian Resources:

Download Source Package ragout:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [github.com]

Similar packages:

Reference-assisteret redskab til ordning af genomrækkefølge

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) er et værktøj for kromosomniveauopsætning via flere referencer. Givet oprindelig samlingsfragmenter (contigs/scaffolds) og en eller flere relaterede referencer (fuldstændig eller i uddrag) fremstilles en kromosomskalasamling (som et sæt af scaffolds).

Fremgangsmåden er baseret på analyse af genom-omarrangementer (som inversioner eller kromosomale translokationer) mellem inddatagenomer og rekonstruktion af den mest sparsommelige struktur for målgenomet.

Ragout understøtter nu både små og store genomer (i pattedyrskala og -kompleksitet). Samlingen af højt polymorfiske genomer er i øjeblikket begrænset.

Other Packages Related to ragout

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64]

GCC støttebibliotek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armhf]

GNU Standard C++ bibliotek v3

dep: libstdc++6 (>= 9) [not armhf]
dep: python3

Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
dep: python3-networkx (>= 2.2)

Værktøj til at oprette, manipulere og studere komplekse netværk - Python 3

rec: sibelia

Komparativ genomisk værktøj

Download ragout

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.3-2+b1	2,074.3 kB	9,683.0 kB	[list of files]
arm64	2.3-2+b1	2,068.8 kB	9,655.0 kB	[list of files]
armhf	2.3-2+b1	2,068.4 kB	9,613.0 kB	[list of files]
i386	2.3-2+b1	2,085.8 kB	9,689.0 kB	[list of files]